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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6agv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo mouse MsrA | ||||||
![]() | Mitochondrial peptide methionine sulfoxide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Methionine sulfoxide / MsrA | ||||||
機能・相同性 | ![]() Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / midbody / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane ...Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / midbody / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, K.Y. / Kim, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of apo mouse MsrA 著者: Hwang, K.Y. / Kim, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 535.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26023.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9D6Y7, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris pH 9.0, 0.2M NaCl, 26% polyethylene glycol 3350, 0.1M Sodium Iodide and were used in ratio of 1:1.35 (mouse MsrA and Trx peptide) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 165785 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 51.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.03 / Rsym value: 0.178 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→30.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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