PDB-6agj: Crystal Structure of EFHA2 in Apo State

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6agj

タイトル

Crystal Structure of EFHA2 in Apo State

要素

Calcium uptake protein 3, mitochondrial

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / mitochondrial / calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

Processing of SMDT1 / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion sensor activity / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of neurotransmitter secretion / cellular response to calcium ion / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.999 Å

データ登録者

Yangfei, X. / Xue, Y. / Yuequan, S.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Dimerization of MICU Proteins Controls Ca2+Influx through the Mitochondrial Ca2+Uniporter.
著者: Xing, Y. / Wang, M. / Wang, J. / Nie, Z. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y.

履歴

登録	2018年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6agj.cif.gz	261.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6agj.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6agj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6agj_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6agj_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	6agj_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	6agj_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aghC 6agiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ccv-2 2d00-d 3ogm-6 1ff9-1 3ogm-1 4gop-2 3v5r-d 2al6-d 6qu9-d 3v79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcium uptake protein 3, mitochondrial

B: Calcium uptake protein 3, mitochondrial

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium uptake protein 3, mitochondrial

B: Calcium uptake protein 3, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.363, 72.363, 339.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Calcium uptake protein 3, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A2 分子量: 44736.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU3, EFHA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86XE3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M imidazole pH 9.5, 15% ethanol, 0.2 M MgCl2.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 19171 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.99→3.11 Å / Num. unique obs: 885 / R_sym value: 0.781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2999: 000)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.999→46.63 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 25.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2862	1909	10 %
R_work	0.2176	-	-
obs	0.2244	19086	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.999→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5058	0	0	4	5062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.519	6965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.814	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	892

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9992-3.0742	0.351	126	0.2821	1134	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0742-3.1573	0.3109	134	0.2572	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1573-3.2502	0.3144	133	0.2343	1191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2502-3.355	0.2984	133	0.2356	1201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.355-3.4749	0.2969	134	0.232	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4749-3.614	0.2738	136	0.2199	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.614-3.7784	0.3162	133	0.2108	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7784-3.9775	0.2655	134	0.2129	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9775-4.2266	0.2705	137	0.2075	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2266-4.5526	0.3079	136	0.1892	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5526-5.0103	0.2319	137	0.1719	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0103-5.7342	0.2666	140	0.1985	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7342-7.2201	0.2698	143	0.2454	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2201-46.6354	0.2862	153	0.2129	1375	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2669	-0.011	0.0429	0.1282	0.0065	0.3144	-0.0286	-0.2339	0.0028	0.0638	0.1282	-0.1015	0.0524	0.0935	0.1079	0.0956	0.0471	0.0337	0.5664	0.1454	-0.0838	43.476	10.4334	149.0443
2	0.0929	-0.0586	-0.0862	0.1219	0.0707	0.0777	-0.0771	0.0469	-0.0157	0.0618	0.1122	0.0262	0.0878	0.0959	0.0675	-0.1582	-0.02	0.1117	0.2937	0.0013	0.0803	46.5651	13.2801	145.3637
3	1.0627	0.1766	0.304	0.4647	-0.0323	0.6267	-0.0116	-0.314	0.1478	0.1604	-0.0629	-0.4344	-0.0534	0.2119	0.0187	-0.2877	-0.041	-0.034	0.5659	-0.0589	0.3695	46.9806	40.6955	143.0482
4	0.8593	0.0258	0.4047	0.1783	-0.0148	0.2249	-0.1027	-0.3834	0.4811	0.1112	0.1021	-0.231	-0.0845	0.2082	0.0826	-0.1554	0.0112	-0.1852	0.5902	-0.2116	0.2148	19.9112	45.657	142.3685
5	1.9099	0.1911	-0.1316	0.4683	-0.0642	0.7307	0.0232	-0.0143	0.0175	0.0102	-0.0016	0.0641	0.0072	-0.0563	-0.022	0.0041	-0.0583	0.0903	0.4455	0.1327	0.3443	-2.7961	41.0334	133.8636
6	0.0244	-0.0448	0.329	0.089	-0.5372	4.4232	-0.0328	-0.1815	-0.1059	0.2993	0.1194	-0.0774	0.0013	-0.26	-0.0541	0.3606	0.0881	-0.0728	0.591	0.0446	0.1423	3.1972	46.161	155.0182
7	0.355	-0.0821	0.0973	0.0934	-0.006	0.034	-0.0628	0.115	0.112	-0.0282	-0.0555	0.0568	-0.0698	-0.0713	-0.1744	-0.2502	-0.0068	-0.0358	0.2862	0.0794	0.0034	12.2842	39.0993	135.0008
8	0.9199	0.0587	-0.2821	0.1686	0.1423	0.3296	0.0171	-0.2765	-0.1009	0.1981	-0.0104	0.3498	0.0821	-0.3384	-0.004	-0.112	-0.0919	0.2239	0.7535	0.3435	0.5201	11.1915	15.3459	148.4224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 138 through 266 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 380 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 381 through 507 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 139 through 231 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 232 through 253 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 254 through 287 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 288 through 380 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 381 through 504 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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