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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6afw | ||||||
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タイトル | Proton pyrophosphatase-T228D mutant | ||||||
要素 | Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Hydrolase / Proton pumping / Vigna radiata | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 H+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / vacuolar membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.185 Å | ||||||
データ登録者 | Tsai, J.-Y. / Li, K.-M. / Sun, Y.-J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019 タイトル: Roles of the Hydrophobic Gate and Exit Channel in Vigna radiata Pyrophosphatase Ion Translocation. 著者: Tsai, J.Y. / Tang, K.Z. / Li, K.M. / Hsu, B.L. / Chiang, Y.W. / Goldman, A. / Sun, Y.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6afw.cif.gz | 297.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6afw.ent.gz | 237.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6afw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6afw_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6afw_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6afw_validation.xml.gz | 55.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6afw_validation.cif.gz | 79.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/6afw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/6afw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 80106.812 Da / 分子数: 2 / 変異: T228D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ) プラスミド: pYVH6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: P21616, inorganic diphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 557分子
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-1PG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES (pH 6.5), 250 mM MgCl2, 23% (w/v) PEG2KMME and 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.185→30 Å / Num. obs: 118614 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4A01 解像度: 2.185→26.617 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.89 Å2 / Biso mean: 42.55 Å2 / Biso min: 21.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.185→26.617 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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