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万見
- PDB-6afu: Proton pyrophosphatase-L555M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6afu
タイトルProton pyrophosphatase-L555M mutant
要素Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Hydrolase / Proton pumping / Vigna radiata
機能・相同性
機能・相同性情報


H+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / vacuolar membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / : / PHOSPHATE ION / Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Tsai, J.-Y. / Li, K.-M. / Sun, Y.-J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
台湾
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Roles of the Hydrophobic Gate and Exit Channel in Vigna radiata Pyrophosphatase Ion Translocation.
著者: Tsai, J.Y. / Tang, K.Z. / Li, K.M. / Hsu, B.L. / Chiang, Y.W. / Goldman, A. / Sun, Y.J.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
B: Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,93222
ポリマ－160,2222
非ポリマー1,71020
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area41590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.185, 88.393, 159.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyrophosphate-energized vacuolar membrane proton pump / Pyrophosphate-energized inorganic pyrophosphatase / H(+)-PPase / Vacuolar H(+)-pyrophosphatase


分子量: 80110.867 Da / 分子数: 2 / 変異: L555M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vigna radiata var. radiata (リョクトウ)
プラスミド: pYVH6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: P21616, inorganic diphosphatase

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非ポリマー , 5種, 255分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES (pH 6.5), 250 mM MgCl2, 23% (w/v) PEG2KMME and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→30 Å / Num. obs: 61373 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 52.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.93.90.44757980.9220.2550.5150.92393.8
2.9-3.024.10.36461170.9540.2050.4190.95599.6
3.02-3.154.20.33261890.9430.1860.3811.024100
3.15-3.324.30.24261640.9660.1350.2771.068100
3.32-3.534.30.17661780.9780.0980.2021.1100
3.53-3.84.20.1461570.9840.0790.1611.173100
3.8-4.184.20.08461690.9940.0480.0971.16799.7
4.18-4.784.20.04861790.9980.0280.0560.98799.2
4.78-6.024.20.04562180.9990.0260.0521.02999.7
6.02-3040.02462040.9990.0140.0281.10697.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A01

4a01


解像度: 2.798→26.065 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1997 3.26 %
Rwork0.1816 --
obs0.1831 61309 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.66 Å2 / Biso mean: 21.09 Å2 / Biso min: 2.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→26.065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10862 0 100 235 11197
Biso mean--29.03 17.4 -
残基数----1480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15815130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8693858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7977-2.86760.31831310.24483902403391
2.8676-2.9450.2961430.22654222436599
2.945-3.03160.3051430.215242244367100
3.0316-3.12930.28361440.219842884432100
3.1293-3.24090.24271420.204542024344100
3.2409-3.37040.2811440.195142814425100
3.3704-3.52350.26131440.191542834427100
3.5235-3.70870.25471440.195742484392100
3.7087-3.94040.21991420.174442514393100
3.9404-4.24340.20771460.167642984444100
4.2434-4.66820.22341430.1464245438899
4.6682-5.33870.19671440.15624269441399
5.3387-6.70720.22761440.181943254469100
6.7072-26.06630.16811430.17714274441797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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