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万見
- PDB-6afl: DJ-1 with compound 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6afl
タイトルDJ-1 with compound 15
要素Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
キーワードHYDROLASE / DJ-1 / Parkinson's disease / Drug discovery / Fragment-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, glyoxal removal / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, glyoxal removal / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of pyrroline-5-carboxylate reductase activity / positive regulation of tyrosine 3-monooxygenase activity / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / positive regulation of L-dopa decarboxylase activity / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of ubiquitin-specific protease activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / detoxification of mercury ion / protein deglycase / methylglyoxal metabolic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mercury ion binding / protein deglycase activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of superoxide dismutase activity / lactate biosynthetic process / : / cellular detoxification of aldehyde / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / protein deglycosylation / small protein activating enzyme binding / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / detoxification of copper ion / negative regulation of protein acetylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of androgen receptor activity / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / membrane hyperpolarization / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of androgen receptor signaling pathway / cupric ion binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrogen peroxide metabolic process / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / cuprous ion binding / membrane depolarization / single fertilization / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / activation of protein kinase B activity / negative regulation of protein phosphorylation / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / positive regulation of interleukin-8 production / mitochondrion organization / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / adherens junction / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / kinase binding / PML body / mitochondrial intermembrane space
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoranyl-1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione / Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Tashiro, S. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)Platform for Drug Discovery, Informatics and Structural Life Science 日本
Japan Society for the Promotion of Science25249115 日本
Japan Society for the Promotion of Science16H02420 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K06962 日本
引用
ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Discovery and Optimization of Inhibitors of the Parkinson's Disease Associated Protein DJ-1.
著者: Tashiro, S. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / Tanabe, A. / Nagatoishi, S. / Tamura, Y. / Matsuda, N. / Liu, D. / Hoang, Q.Q. / Tsumoto, K.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Thermodynamic and structural characterization of the specific binding of Zn(II) to human protein DJ-1.
著者: Tashiro, S. / Caaveiro, J.M.M. / Wu, C.X. / Hoang, Q.Q. / Tsumoto, K.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2223
ポリマ－19,9171
非ポリマー3052
水3,351186
1
A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子

A: Protein/nucleic acid deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4446
ポリマ－39,8342
非ポリマー6094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2960 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.170, 75.170, 75.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-472-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1


分子量: 19917.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 化合物 ChemComp-73H / 5-fluoranyl-1-(2-phenylethyl)indole-2,3-dione


分子量: 269.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12FNO2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細73H(201) is bonded with Cys106 through a double bond opening.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM TRIS-HCl, 200mM sodium citrate, 30% PEG 400, 5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.3 Å / Num. obs: 32706 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.771 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SOA

1soa


解像度: 1.6→19.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.946 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17429 991 3 %RANDOM
Rwork0.12216 ---
obs0.12377 31687 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.21 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→19.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1376 0 21 186 1583
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.622.011976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9583.0033383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36725.81855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53315263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.24157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4442.211759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4472.207758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8293.317950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8283.321951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0162.649697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0142.65698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2023.7721021
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.13219.2251722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85318.3121630
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.79832917
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.812574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.68953007
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 62 -
Rwork0.214 2320 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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