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万見
- PDB-6aeq: Crystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aeq
タイトルCrystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmonella enterica Serovar Typhimurium LT2
要素Primosomal protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Primosome / replication restart / DnaT / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1180 / Primosomal protein 1 / DnaT, DNA-binding domain / DnaT DNA-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication restart protein DnaT
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2518084706 Å
データ登録者Huang, Y.H. / Huang, C.Y.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of the primosomal DnaT protein: Insights into a new oligomerization mechanism.
著者: Chen, K.L. / Huang, Y.H. / Liao, J.F. / Lee, W.C. / Huang, C.Y.
履歴
登録2018年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein 1
B: Primosomal protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2922
ポリマ－23,2922
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.909, 92.319, 69.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 84 - 155 / Label seq-ID: 1 - 72

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22(chain 'B' and resid 84 through 155)BB

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要素

#1: タンパク質 Primosomal protein 1 / Primosomal protein I


分子量: 11646.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: dnaT, STM4544 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P67524
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Magnesium Sulfate, 100mM MES Sodium Salt pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 8294 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 30.14
反射 シェル解像度: 2.25→2.38 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.58 / Num. unique obs: 764 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OU6

4ou6


解像度: 2.2518084706→21.48309024 Å / SU ML: 0.235716035848 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33784763378 / 位相誤差: 34.1707603168
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26517872003 448 5.41520609211 %
Rwork0.220106655196 --
obs0.222361580082 8273 96.3320912902 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.3122439788 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2518084706→21.48309024 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 16 1235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008853405784951258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.212903094911709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652712886822169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00877873945111223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1205627049733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2518-2.57720.3196579554851450.274936343252353X-RAY DIFFRACTION89.1506067095
2.5772-3.24520.3513223152911630.260790298412675X-RAY DIFFRACTION99.9295774648
3.2452-21.48410.2187225780851400.1963457881922797X-RAY DIFFRACTION99.6945010183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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