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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aei | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the receptor-activated TRPC5 ion channel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Short transient receptor potential channel 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Cryo-EM / mouse TRPC5 / ion channel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / clathrin binding / positive regulation of axon extension / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / actinin binding / clathrin binding / positive regulation of axon extension / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / calcium channel activity / neuron differentiation / presynapse / actin binding / growth cone / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / neuron apoptotic process / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Duan, J. / Li, Z. / Li, J. / Zhang, J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of TRPC5 at 2.8-Å resolution reveals unique and conserved structural elements essential for channel function. 著者: Jingjing Duan / Jian Li / Gui-Lan Chen / Yan Ge / Jieyu Liu / Kechen Xie / Xiaogang Peng / Wei Zhou / Jianing Zhong / Yixing Zhang / Jie Xu / Changhu Xue / Bo Liang / Lan Zhu / Wei Liu / ...著者: Jingjing Duan / Jian Li / Gui-Lan Chen / Yan Ge / Jieyu Liu / Kechen Xie / Xiaogang Peng / Wei Zhou / Jianing Zhong / Yixing Zhang / Jie Xu / Changhu Xue / Bo Liang / Lan Zhu / Wei Liu / Cheng Zhang / Xiao-Li Tian / Jianbin Wang / David E Clapham / Bo Zeng / Zongli Li / Jin Zhang / ![]() ![]() 要旨: The transient receptor potential canonical subfamily member 5 (TRPC5), one of seven mammalian TRPC members, is a nonselective calcium-permeant cation channel. TRPC5 is of considerable interest as a ...The transient receptor potential canonical subfamily member 5 (TRPC5), one of seven mammalian TRPC members, is a nonselective calcium-permeant cation channel. TRPC5 is of considerable interest as a drug target in the treatment of progressive kidney disease, depression, and anxiety. Here, we present the 2.8-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the mouse TRPC5 (mTRPC5) homotetramer. Comparison of the TRPC5 structure to previously determined structures of other TRPC and TRP channels reveals differences in the extracellular pore domain and in the length of the S3 helix. The disulfide bond at the extracellular side of the pore and a preceding small loop are essential elements for its proper function. This high-resolution structure of mTRPC5, combined with electrophysiology and mutagenesis, provides insight into the lipid modulation and gating mechanisms of the TRPC family of ion channels. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 461.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 381.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88903.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9QX29 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-Y01 / #4: 化合物 | ChemComp-LPP / Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mouse TRPC5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1164065 / クラス平均像の数: 340465 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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