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- PDB-6ad3: Structural characterization of the condensation domain from Monac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ad3
タイトルStructural characterization of the condensation domain from Monacolin K polyketide synthase MokA
要素Lovastatin nonaketide synthase mokA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / polyketide synthease / condensation domain / nonribosomal peptide synthetases (非リボソームペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


lovastatin nonaketide synthase / lovastatin nonaketide synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / methyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / メチル化 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain ...Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lovastatin nonaketide synthase mokA
類似検索 - 構成要素
生物種Monascus pilosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Wang, L. / Zheng, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370101 中国
National Natural Science Foundation of China31570056 中国
引用ジャーナル: Synth Syst Biotechnol / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the condensation domain from lovastatin polyketide synthase.
著者: Wang, L. / Yuan, M. / Zheng, J.
履歴
登録2018年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lovastatin nonaketide synthase mokA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4461
ポリマ－57,4461
非ポリマー00
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.101, 64.042, 173.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Lovastatin nonaketide synthase mokA / Monacolin K biosynthesis protein A


分子量: 57446.180 Da / 分子数: 1 / 変異: R153W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Monascus pilosus / 由来: (組換発現) Monascus pilosus (菌類) / 遺伝子: mokA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3S2T9, lovastatin nonaketide synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, potassium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 54424 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.445 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 356651
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.826.60.42227270.9190.1760.4580.438100
1.82-1.856.80.36426240.9370.150.3940.462100
1.85-1.896.70.31527070.9580.1310.3420.4699.9
1.89-1.936.70.27826340.9680.1160.3020.464100
1.93-1.976.60.24727070.9740.1040.2690.474100
1.97-2.026.50.20826700.9760.0880.2260.47999.9
2.02-2.0760.17626890.980.0780.1930.464100
2.07-2.126.70.16127150.9880.0670.1750.484100
2.12-2.186.80.14626690.9890.060.1580.479100
2.18-2.266.80.12826900.9890.0530.1390.478100
2.26-2.346.60.11827310.9910.0490.1280.47799.9
2.34-2.436.50.10526980.9920.0450.1140.45999.9
2.43-2.546.10.09426950.9910.0420.1030.45399.9
2.54-2.676.80.08427320.9950.0350.0920.44799.9
2.67-2.846.70.07527110.9950.0310.0810.436100
2.84-3.066.70.06727340.9960.0280.0730.418100
3.06-3.376.20.05827640.9970.0250.0630.415100
3.37-3.866.80.05327530.9970.0220.0580.41299.9
3.86-4.866.20.04928030.9970.0210.0530.37999.8
4.86-506.20.04729710.9980.0210.0520.32499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.19 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 2681 4.9 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1777 51687 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.32 Å2 / Biso mean: 25.729 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3528 0 0 260 3788
Biso mean---25.79 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9444905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67537853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5975449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91223.295173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69415591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2561529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0214142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
LS精密化 シェル解像度: 1.791→1.838 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 195 -
Rwork0.21 3694 -
all-3889 -
obs--98.13 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.5595 Å / Origin y: 30.9132 Å / Origin z: 62.1917 Å
111213212223313233
T0.0117 Å2-0.0069 Å20.0003 Å2-0.0053 Å20.0011 Å2--0.0054 Å2
L0.3226 °2-0.1898 °2-0.0872 °2-0.48 °20.1426 °2--0.3505 °2
S0.0231 Å °-0.021 Å °-0.0241 Å °0.0127 Å °-0.0126 Å °-0.0102 Å °-0.0041 Å °0.0148 Å °-0.0105 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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