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- PDB-6acl: histone lysine desuccinylase Sirt5 in complex with succinyl pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6acl
タイトルhistone lysine desuccinylase Sirt5 in complex with succinyl peptide H2AK95
要素
  • NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
  • succinyl peptide H2AK95
キーワードHYDROLASE / histone lysine desuccinylase Sirt5 in complex with succinyl peptide H2AK95
機能・相同性
機能・相同性情報


protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / response to ischemia / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / mitochondrion organization / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / response to nutrient levels / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Metalloprotease DUBs / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / mitochondrial intermembrane space / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / UCH proteinases / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Hang, T.R. / Chen, W.B.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
2017YFA0503600 中国
2016YFA0400903 中国
XDB19000000 中国
31621002 中国
U1532109 中国
31700671 中国
2017FXCX004 中国
1608085QC52 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: complex structure of histone lysine desuccinylase Sirt5 with succinyl peptide H2AK95
著者: Hang, T.R. / Chen, W.B.
履歴
登録2018年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
B: succinyl peptide H2AK95
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3633
ポリマ－30,2982
非ポリマー651
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.937, 42.807, 61.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial / histone lysine desuccinylase Sirt5


分子量: 29054.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド succinyl peptide H2AK95


分子量: 1243.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04908*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 5.5), 25% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58.15 Å / Num. obs: 19522 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique obs: 3340

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ACE

6ace


解像度: 1.92→58.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22246 1026 5.3 %RANDOM
Rwork0.16893 ---
obs0.17192 18480 91.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20.27 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→58.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 1 157 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9161.9562949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7633.0024771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0975273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02822.6694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44315340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4711519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0310.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6562.7131106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6482.711105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6524.0531373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6514.0561374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8053.0981078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8043.11079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6284.4751577
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.46822.3782406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.46922.392407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.917→1.967 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 54 -
Rwork0.215 1078 -
obs--73.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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