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- PDB-6ac8: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis Mfd at 2.75 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ac8
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis Mfd at 2.75 A resolution
要素Mycobacterium smegmatis Mfd
キーワードHYDROLASE / Transcription repair coupling factor / Mfd / Transcription regulation / Transcription Coupled Nucleotide Excision Repair.
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily ...Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor / Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Putta, S. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentBT/HRD/35/02/19/2009 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for nucleotide-mediated remodelling mechanism of Mycobacterium Mfd
著者: Putta, S. / Prabha, S. / Bhat, V. / Fox, G.C. / Walsh, M.A. / Rao, D.N. / Nagaraja, V. / Natesh, R.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterium smegmatis Mfd
B: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,93413
ポリマ－266,8772
非ポリマー1,05711
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Dimer in Asymmetric Unit of the crystal. Does not exist physiologically.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area97820 Å2
2
A: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1118
ポリマ－133,4381
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area49800 Å2
手法PISA
3
B: Mycobacterium smegmatis Mfd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8235
ポリマ－133,4381
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area49340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.855, 162.026, 215.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterium smegmatis Mfd


分子量: 133438.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Amplified from Mycobacterium smegmatis genomic DNA
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: mfd / プラスミド: pETMsMfd / 詳細 (発現宿主): Amplied MsMfd cloned into pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: I7G7M2, UniProt: A0R3C5*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 % / 解説: Rhomboid
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 100mM HEPES sodium pH 7.2, 0.2M Na2So4, 20% PEG3350 / PH範囲: 7.2-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40.59 Å / Num. obs: 76641 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 73.092 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4531 / CC1/2: 0.456 / Rpim(I) all: 0.633 / Rrim(I) all: 1.041 / Rsym value: 0.914 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575:000)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AC6

6ac6


解像度: 2.75→40.507 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.22 / 詳細: Phenix refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 3815 4.98 %
Rwork0.224 --
obs0.2257 76560 99.33 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17156 0 55 120 17331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58623934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.36610520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.78480.40781490.37772672X-RAY DIFFRACTION100
2.7848-2.82150.42421460.36472639X-RAY DIFFRACTION99
2.8215-2.86010.43121430.3462668X-RAY DIFFRACTION100
2.8601-2.9010.36781560.33192653X-RAY DIFFRACTION99
2.901-2.94420.38821200.30412661X-RAY DIFFRACTION99
2.9442-2.99020.34891520.29012666X-RAY DIFFRACTION99
2.9902-3.03920.35441490.28382631X-RAY DIFFRACTION99
3.0392-3.09160.31091410.2692679X-RAY DIFFRACTION100
3.0916-3.14780.30721500.27372625X-RAY DIFFRACTION99
3.1478-3.20840.3161320.26682706X-RAY DIFFRACTION99
3.2084-3.27380.36421290.28952638X-RAY DIFFRACTION99
3.2738-3.3450.36681210.26582711X-RAY DIFFRACTION99
3.345-3.42270.30381320.26132662X-RAY DIFFRACTION99
3.4227-3.50830.30241310.25312708X-RAY DIFFRACTION99
3.5083-3.60310.31681660.23422611X-RAY DIFFRACTION98
3.6031-3.7090.25261380.23732687X-RAY DIFFRACTION100
3.709-3.82870.27911220.23632728X-RAY DIFFRACTION99
3.8287-3.96540.29551350.23562700X-RAY DIFFRACTION99
3.9654-4.1240.25111310.22282659X-RAY DIFFRACTION99
4.124-4.31150.24861310.20532714X-RAY DIFFRACTION100
4.3115-4.53850.21471570.1872713X-RAY DIFFRACTION99
4.5385-4.82250.21391400.18232701X-RAY DIFFRACTION99
4.8225-5.19410.23151490.18932737X-RAY DIFFRACTION100
5.1941-5.71550.23561500.22022722X-RAY DIFFRACTION100
5.7155-6.53960.26921590.21552760X-RAY DIFFRACTION100
6.5396-8.22780.22521430.20352785X-RAY DIFFRACTION100
8.2278-40.51090.18071430.18892909X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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