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- PDB-6abj: The apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Pseudomonas aer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6abj
タイトルThe apo-structure of D-lactate dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
要素D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase activity / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Sequential Allosteric Transitions in Tetrameric d-Lactate Dehydrogenases from Three Gram-Negative Bacteria
著者: Furukawa, N. / Miyanaga, A. / Nakajima, M. / Taguchi, H.
履歴
登録2018年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年9月19日ID: 3WWZ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
B: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7844
ポリマ－75,6662
非ポリマー1182
水4,252236
1
A: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
B: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子

A: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
B: D-lactate dehydrogenase (Fermentative)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5678
ポリマ－151,3314
非ポリマー2364
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area15430 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area46180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.100, 186.840, 90.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-618-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 326 / Label seq-ID: 17 - 342

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 D-lactate dehydrogenase (Fermentative)


分子量: 37832.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ldhA, PA0927 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9I530
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.5), 8% PEG3350, and 50 mM magnesium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→52.26 Å / Num. obs: 68606 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 9844 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.349 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
ADSCデータ収集
SCALAデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J49

1j49


解像度: 1.86→52.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.426 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22691 3466 5.1 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.19985 65029 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→52.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5041 0 8 236 5285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.721.9517018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.206311226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.69523.068251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60115791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5951547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3582.3912633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3422.3892630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2423.5693287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2423.5693288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.082.7782529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0792.7792530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7394.0483732
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.72519.965846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.72419.9625847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19061 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.858→1.906 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 238 -
Rwork0.317 4597 -
obs--96.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0199-0.04850.14090.2083-0.38881.0368-0.0187-0.0323-0.01870.11270.1038-0.0179-0.1467-0.2587-0.08510.11560.0139-0.00660.10720.02550.0944-20.3777-10.1021-17.6143
20.31930.18250.06160.57870.24330.11820.02860.1359-0.04050.12670.0446-0.12020.0951-0.024-0.07320.1444-0.1001-0.08030.15890.02870.0744-13.4697-36.487-39.025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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