PDB-6aaa: Structure of a blue-shifted Luciferase from Amydetes vivianii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aaa

タイトル

Structure of a blue-shifted Luciferase from Amydetes vivianii

要素

Blue-shifted Luciferase

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / Luciferase / Blue-shifted

機能・相同性

機能・相同性情報

Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / bioluminescence / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Amydetes (ホタル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Carrasco-Lopez, C. / Naumov, P. / Rabeh, W.

資金援助

United Arab Emirates, 1件

引用

ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2018
タイトル: Beetle luciferases with naturally red- and blue-shifted emission.
著者: Carrasco-Lopez, C. / Ferreira, J.C. / Lui, N.M. / Schramm, S. / Berraud-Pache, R. / Navizet, I. / Panjikar, S. / Naumov, P. / Rabeh, W.M.

履歴

登録	2018年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aaa.cif.gz	440.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aaa.ent.gz	360.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aaa_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aaa_full_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示
XML形式データ	6aaa_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	6aaa_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/6aaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6abhC 6ac3C 4e5dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cer-3 4fk3-d 4l96-1 1sd3-d 2bh9-d 6c1i-d 6ulx-d 1lci-d 5ikj-d 5cer-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Blue-shifted Luciferase

B: Blue-shifted Luciferase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Blue-shifted Luciferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Blue-shifted Luciferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.279, 110.530, 122.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Blue-shifted Luciferase 分子量: 60687.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amydetes (ホタル) / プラスミド: pET28 and pET-SUMO / 詳細 (発現宿主): SUMO tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A3F2YLV6*PLUS, firefly luciferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M sodium citrate, supplemented with 0.2M MgCl2 / PH範囲: 6.2-6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→28.1 Å / Num. obs: 100333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / R_merge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 14607 / R_pim(I) all: 0.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E5D

4e5d

解像度: 1.9→28.082 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	7221	7.2 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1937	100333	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8398	0	12	750	9160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	11609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.005	3163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.397	208	0.3874	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9216-1.9442	0.3885	228	0.3838	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9442-1.9679	0.3788	234	0.3531	3084	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9679-1.9928	0.3552	224	0.3366	3046	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9928-2.019	0.3779	233	0.3222	3081	X-RAY DIFFRACTION	99
2.019-2.0467	0.3762	235	0.3098	3067	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0467-2.0759	0.3075	241	0.2913	3042	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0759-2.1069	0.31	238	0.2769	3100	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1069-2.1398	0.3029	233	0.2644	3097	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1398-2.1748	0.2767	242	0.2516	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1748-2.2123	0.2794	253	0.2389	3060	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2123-2.2525	0.2627	262	0.2364	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2525-2.2959	0.2995	235	0.2233	3062	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2959-2.3427	0.2521	216	0.227	3104	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3427-2.3936	0.2179	226	0.2187	3078	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3936-2.4493	0.2356	251	0.2085	3086	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4493-2.5105	0.2186	259	0.2057	3038	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5105-2.5783	0.2614	253	0.2047	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5783-2.6541	0.2288	249	0.2019	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6541-2.7397	0.2379	224	0.1994	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7397-2.8375	0.2497	235	0.1928	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8375-2.951	0.2267	251	0.1892	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.0852	0.2143	260	0.1796	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0852-3.2476	0.2394	263	0.1852	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2476-3.4508	0.2059	247	0.1638	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4508-3.7166	0.174	220	0.1522	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7166-4.0896	0.1557	242	0.1338	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0896-4.6791	0.1393	242	0.1292	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6791-5.8862	0.1858	243	0.1493	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8862-28.0847	0.1533	274	0.1607	3326	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0047	0.1634	-0.0567	0.7503	0.1671	0.9298	0.03	-0.011	0.0345	-0.004	-0.0114	0.0414	-0.0112	-0.0379	-0.0213	0.1817	-0.0089	0.0012	0.1672	0.0244	0.1616	75.4632	-7.2401	8.4549
2	2.2679	-0.8756	-0.2664	2.3867	0.0433	2.2428	0.1835	0.1084	0.4082	-0.0961	0.1155	0.4951	-0.3787	-0.5696	-0.2543	0.2695	0.0707	0.0317	0.2984	0.0688	0.3683	59.7728	11.8532	15.348
3	3.3287	0.7089	1.1495	4.5714	-1.1525	4.1835	0.1376	-0.7181	-0.2482	0.7901	0.0018	-0.0333	0.5117	-0.71	-0.1349	0.9955	0.0844	0.0794	0.9969	-0.0492	0.4904	43.982	13.8489	-7.4112
4	1.0283	0.476	-0.0367	0.7024	0.0804	1.4466	-0.1058	-0.0278	0.007	-0.1064	0.0552	-0.0744	-0.0043	-0.0536	0.0619	0.1533	-0.0094	0.0231	0.137	-0.0086	0.1527	-10.6263	18.1442	39.151
5	2.206	1.2329	-0.5061	3.5419	-0.0976	1.5085	-0.0085	0.0009	0.3479	-0.0276	0.1104	0.0278	-0.1783	-0.0266	-0.0807	0.1668	0.0124	-0.0151	0.1697	-0.0068	0.179	-17.2707	26.0149	38.8936
6	1.0739	0.1688	-0.0681	1.0452	0.4862	1.669	-0.1629	0.0268	-0.1688	-0.0941	0.1035	-0.2623	0.1124	0.3126	0.0518	0.2027	-0.0001	0.0812	0.2159	-0.0013	0.2949	8.9806	14.4604	35.2025
7	3.4144	2.3671	0.5861	3.9536	0.2042	4.5085	-0.1124	0.0942	-0.1767	-0.479	0.2014	0.2134	-0.0792	-0.0453	-0.1011	0.4423	0.0876	0.1086	0.2667	0.0658	0.539	31.3971	32.8112	20.1203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 351 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 352 through 440 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 441 through 539 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 6 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 131 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 205 through 441 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 442 through 540 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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