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万見
- PDB-6a9p: Crystal structure of the human glial fibrillary acidic protein 1B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a9p
タイトルCrystal structure of the human glial fibrillary acidic protein 1B domain
要素Glial fibrillary acidic protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Glial fibrillary acidic protein. GFAP / Intermediate filament / IF / Alexander disease / 1B domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Schwann cell proliferation / regulation of neurotransmitter uptake / cytoplasmic side of lysosomal membrane / neuron projection regeneration / Schwann cell proliferation / astrocyte end-foot / regulation of chaperone-mediated autophagy / intermediate filament organization / D-aspartate import across plasma membrane / astrocyte development ...positive regulation of Schwann cell proliferation / regulation of neurotransmitter uptake / cytoplasmic side of lysosomal membrane / neuron projection regeneration / Schwann cell proliferation / astrocyte end-foot / regulation of chaperone-mediated autophagy / intermediate filament organization / D-aspartate import across plasma membrane / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / intermediate filament / Bergmann glial cell differentiation / regulation of protein-containing complex assembly / Nuclear signaling by ERBB4 / extracellular matrix organization / cell projection / intracellular protein transport / structural constituent of cytoskeleton / kinase binding / long-term synaptic potentiation / Chaperone Mediated Autophagy / integrin binding / negative regulation of neuron projection development / cell body / gene expression / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vasodilator-stimulated phosphoprotein / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Vasodilator-stimulated phosphoprotein / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glial fibrillary acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Jin, M.S. / Kim, B. / Kim, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1A2B4003278 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the human glial fibrillary acidic protein 1B domain
著者: Kim, B. / Kim, S. / Jin, M.S.
履歴
登録2018年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glial fibrillary acidic protein
B: Glial fibrillary acidic protein
C: Glial fibrillary acidic protein
D: Glial fibrillary acidic protein
E: Glial fibrillary acidic protein
F: Glial fibrillary acidic protein
G: Glial fibrillary acidic protein
H: Glial fibrillary acidic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8328
ポリマ－100,8328
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Glial fibrillary acidic protein
B: Glial fibrillary acidic protein
G: Glial fibrillary acidic protein
H: Glial fibrillary acidic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4164
ポリマ－50,4164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14710 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: Glial fibrillary acidic protein
D: Glial fibrillary acidic protein
E: Glial fibrillary acidic protein
F: Glial fibrillary acidic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4164
ポリマ－50,4164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14800 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area26770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.588, 106.158, 113.225
Angle α, β, γ (deg.)77.56, 90.14, 83.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glial fibrillary acidic protein / GFAP


分子量: 12604.056 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14136
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 400 mM NaCl and 22% (w/v) PEG10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29465 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.614

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UF1

3uf1


解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 31.932 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31086 1505 4.9 %RANDOM
Rwork0.2686 ---
obs0.27071 29465 84.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å2-0.88 Å21.74 Å2
2--0.59 Å20.51 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 0 0 132 6940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.999180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.725315504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5935812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.30524.413426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.268151400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.45815102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.567.663272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.55839.6873271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2976.1913562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.2668.9385105
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.92836774
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded65.78256750
LS精密化 シェル解像度: 2.508→2.573 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 44 -
Rwork0.312 796 -
obs--29.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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