PDB-6a8t: E269A mutant of highly active EfBSH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a8t

タイトル

E269A mutant of highly active EfBSH

要素

Bile salt hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Ntn / Bile Salt Hydrolase / Gut Microbiome

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis T2 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ramasamy, S. / Yadav, Y.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: E269A mutant of highly active EfBSH
著者: Ramasamy, S. / Yadav, Y.

履歴

登録	2018年7月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a8t.cif.gz	265.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a8t.ent.gz	213.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a8t_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a8t_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	6a8t_validation.xml.gz	46 KB	表示
CIF形式データ	6a8t_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wl3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a8q-d 5gs7-1 4wl3-d 2z71-1 3pva-1 2quy-1 2bjg-1 2iwm-d 2quy-2 3pva-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bile salt hydrolase

B: Bile salt hydrolase

C: Bile salt hydrolase

D: Bile salt hydrolase

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.840, 156.320, 73.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bile salt hydrolase 分子量: 37605.969 Da / 分子数: 4 / 変異: E269A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis T2 (乳酸球菌) 遺伝子: EFBG_01849 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C7CXJ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.14 M CaCl2, 0.07M CH3COONa pH-4.6, 14% v/v isopropanol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→41.14 Å / Num. obs: 77248 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.219 / R_pim(I) all: 0.131 / R_rim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.1 Å / CC_1/2: 0.984

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WL3

4wl3

解像度: 2.1→41.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24787	3706	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20343	-	-	-
obs	0.20559	73391	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.04 Å²	0 Å²	-2.19 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→41.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10372	0	0	354	10726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.015	10651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.741	14450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.639	1.735	21858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.488	5	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.661	22.883	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.008	15	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.997	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.483	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.018	1.483	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.725	2.222	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.725	2.222	6473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.271	1.624	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.271	1.624	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.101	2.375	7971
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.02	16.995	11611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.006	16.989	11568
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	262	-
R_work	0.269	5430	-
obs	-	-	99.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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