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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a8k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ice-binding Protein from a Sea-Ice Microalga | ||||||
![]() | Ice binding protein 1 | ||||||
![]() | ANTIFREEZE PROTEIN / beta-solenoid right-handed beta-helix | ||||||
機能・相同性 | Ice-binding protein / Ice-binding-like / Ice binding protein 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kondo, H. / Bayer-Giraldi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Multiple binding modes of a moderate ice-binding protein from a polar microalga 著者: Kondo, H. / Mochizuki, K. / Bayer-Giraldi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3vn3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25956.189 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS DR026070 FOR THIS SEQUENCE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 2.0M Ammonium dihydrogen phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.6 Å / Num. obs: 46394 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VN3 解像度: 1.4→47.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.789 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.013 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→47.59 Å
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拘束条件 |
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