PDB-6a8k: Crystal structure of Ice-binding Protein from a Sea-Ice Microalga

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a8k

タイトル

Crystal structure of Ice-binding Protein from a Sea-Ice Microalga

要素

Ice binding protein 1

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN (不凍タンパク質) / beta-solenoid right-handed beta-helix

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / Ice binding protein 1

機能・相同性情報

生物種

Fragilariopsis cylindrus (珪藻)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kondo, H. / Bayer-Giraldi, M.

引用

ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2018
タイトル: Multiple binding modes of a moderate ice-binding protein from a polar microalga
著者: Kondo, H. / Mochizuki, K. / Bayer-Giraldi, M.

履歴

登録	2018年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a8k.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a8k.ent.gz	46.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vn3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dnj-d 4lkl-d 4dfw-d 4efr-2 4wda-d 4h5x-2 4x9r-d 1r1q-3 4efr-4 5nje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice binding protein 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.054, 47.586, 134.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-460- HOH

#1: タンパク質	Ice binding protein 1 分子量: 25956.189 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragilariopsis cylindrus (珪藻) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0FHA3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS DR026070 FOR THIS SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 2.0M Ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.6 Å / Num. obs: 46394 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VN3

3vn3

解像度: 1.4→47.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 0.789 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1622	2319	5 %	RANDOM
R_work	0.1368	-	-	-
obs	0.13806	44028	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.013 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→47.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1725	0	6	279	2010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.02	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.478	1.96	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.153	3	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.045	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.51	25.636	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.913	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.792	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.72	1.285	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.72	1.282	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.506	1.92	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.506	1.924	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.856	1.473	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.844	1.473	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.052	2.119	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.748	12.191	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.749	12.193	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	166	-
R_work	0.192	3161	-
obs	-	-	97.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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