PDB-6a8j: Crystal structure of bacterial protein toxins

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a8j

タイトル

Crystal structure of bacterial protein toxins

要素

RTX toxin

キーワード

TOXIN / protein toxin / virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / toxin activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.711 Å

データ登録者

Kim, M.H. / Hwang, J. / Jang, S.Y.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of inactivation of Ras and Rap1 small GTPases by Ras/Rap1-specific endopeptidase from the sepsis-causing pathogenVibrio vulnificus
著者: Jang, S.Y. / Hwang, J. / Kim, B.S. / Lee, E.Y. / Oh, B.H. / Kim, M.H.

履歴

登録	2018年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a8j.cif.gz	728 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a8j.ent.gz	607.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a7hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a7h-1 6a7h-4 3ly6-2 1nug-1 1nud-2 3ly6-1 6a8p-3 1nuf-d 4pyg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RTX toxin

B: RTX toxin

C: RTX toxin

D: RTX toxin

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RTX toxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RTX toxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: RTX toxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: RTX toxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.686, 197.928, 163.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-4212- HOH

#1: タンパク質	RTX toxin 分子量: 52650.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus CMCP6 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A452CSP0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The sequence has been deposited to database with accession number WP_011081430. N-terminal residues ...The sequence has been deposited to database with accession number WP_011081430. N-terminal residues GAMA are from expression tag.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 12% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 135922 / % possible obs: 94.52 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 17.27
反射シェル	解像度: 2.7→2.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.711→31.706 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2654	3708	5.04 %
R_work	0.2263	-	-
obs	0.2283	73561	94.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.711→31.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14584	0	61	245	14890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.507	20077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.429	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	2226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7113-2.747	0.3459	88	0.3027	1742	X-RAY DIFFRACTION	63
2.747-2.7846	0.3385	137	0.3267	2551	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7846-2.8243	0.3931	131	0.3216	2620	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8243-2.8665	0.3372	133	0.3238	2607	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8665-2.9112	0.349	142	0.3221	2632	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9112-2.9589	0.3446	144	0.3068	2630	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9589-3.0099	0.3553	127	0.3059	2692	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0099-3.0646	0.3878	128	0.2972	2700	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0646-3.1235	0.2935	156	0.2786	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1235-3.1872	0.3281	136	0.2786	2712	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1872-3.2564	0.3101	145	0.2679	2717	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2564-3.3321	0.325	147	0.2565	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3321-3.4153	0.2937	156	0.2405	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4153-3.5076	0.2423	161	0.232	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5076-3.6106	0.26	144	0.2246	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6106-3.727	0.2573	125	0.2187	2776	X-RAY DIFFRACTION	97
3.727-3.86	0.259	127	0.2065	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.86-4.0142	0.229	144	0.1997	2720	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0142-4.1965	0.2303	131	0.1928	2726	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1965-4.4172	0.2036	147	0.182	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4172-4.6932	0.2243	154	0.1774	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6932-5.0542	0.2102	159	0.1678	2785	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0542-5.5604	0.2433	162	0.2012	2836	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5604-6.3593	0.2832	170	0.2152	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3593-7.9908	0.2444	153	0.1936	2878	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9908-31.7079	0.1912	161	0.1687	2975	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.431	-1.3405	2.3157	0.3792	-0.7101	1.2646	0.3606	0.8287	-0.495	-0.1565	0.0941	0.3143	-0.4694	-0.6736	-0.4094	0.3757	0.0782	0.0011	0.8078	-0.0508	0.5775	-76.0794	-55.0467	1.3589
2	-0.0398	-0.2597	-0.1203	5.3656	3.529	2.4868	0.0201	0.08	-0.003	-0.4427	-0.2919	0.6779	0.1031	-0.2731	0.2273	0.4553	-0.048	0.0151	0.2241	-0.0106	0.2851	-52.1279	-73.0135	-4.4543
3	2.2972	0.8752	0.5974	3.6362	1.0183	1.2175	0.1239	-0.0313	0.0398	0.0916	-0.0365	-0.5768	0.1655	0.1956	-0.0705	0.5256	0.0483	0.015	0.1571	0.0321	0.2127	-27.0229	-76.5459	6.8318
4	7.022	0.6629	-1.2984	0.0094	-0.1417	0.1639	0.4419	-0.4207	0.6688	-0.0456	-0.1004	0.5143	0.3483	-0.5667	-0.3414	0.5251	-0.083	0.1552	0.5349	-0.0739	0.8204	-76.3762	-42.1459	-38.4256
5	0.7371	0.4965	0.3879	3.6134	2.3623	1.502	0.0193	-0.0274	-0.1195	0.4448	-0.1874	0.5739	0.0952	-0.1485	0.1399	0.4713	-0.0089	0.0816	0.1507	0.025	0.2899	-54.1565	-20.4796	-32.7972
6	2.1485	-0.9439	-0.2318	4.5225	1.237	0.7829	0.2364	0.0435	-0.0383	-0.1108	-0.1926	-0.8026	-0.2138	0.1625	-0.0415	0.4972	0.0336	0.0901	0.2055	0.0808	0.2274	-30.7149	-17.6497	-48.6177
7	3.4479	0.4631	-0.676	5.6299	-0.4529	1.4894	0.1743	-0.1665	0.1993	-0.1717	-0.2431	-0.5477	0.139	0.0518	0.0441	0.7242	0.0945	0.1316	0.0542	0.0427	0.3118	-31.1363	-24.3094	-46.9116
8	8.1728	-0.0616	-2.6769	-0.0813	0.0869	0.7249	0.1384	0.6636	0.1179	0.166	0.0617	-0.0687	0.0469	0.2031	-0.1352	0.4424	-0.0175	0.0613	0.3812	-0.0323	0.3034	-11.1759	-45.2199	-3.697
9	0.3358	-1.011	0.7483	2.7326	-2.0219	1.4458	-0.0944	-0.0603	-0.1293	-0.639	-0.1721	-0.1851	0.0841	0.1607	0.0928	0.6873	-0.021	0.1321	0.1064	0.1282	0.1856	-32.8399	-20.3389	-10.2789
10	1.6835	0.9128	-0.231	2.8486	-0.9515	1.3854	0.0089	0.0537	-0.1037	-0.0738	-0.1406	0.6351	-0.001	-0.1655	0.0296	0.5867	0.0344	0.0854	0.1301	0.0025	0.0197	-52.9868	-22.3548	10.0037
11	9.0024	-1.3749	0.7008	0.1514	-0.0889	-0.0009	0.0478	-0.8302	0.3926	0.1397	-0.0416	-0.298	-0.5231	0.4581	-0.0747	0.5377	-0.066	-0.0752	0.4898	-0.017	0.3626	-11.7809	-51.7124	-38.4321
12	0.1511	0.5075	-0.4701	4.2049	-2.9544	1.9856	-0.0799	0.0427	-0.0138	0.2906	-0.1217	-0.4932	0.1448	0.0444	0.1409	0.4413	0.04	-0.0711	0.1459	0.0105	0.2801	-34.9176	-71.9199	-35.1925
13	1.5725	-1.5017	0.3211	6.0591	0.1151	1.2236	0.1483	0.1418	0.0452	-0.1536	-0.1148	1.1763	0.004	-0.2975	0.1179	0.6394	-0.0179	-0.0916	0.1991	-0.0855	0.2662	-60.0296	-75.232	-48.4836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 3669 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3670 through 3830 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3831 through 4069 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -4 through 3688 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3689 through 3830 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3831 through 3973 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3974 through 4067 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid -4 through 3704 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3705 through 3830 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3831 through 4066 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid -4 through 3686 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 3687 through 3854 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 3855 through 4066 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)