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万見
- PDB-6a7w: Structure of a catalytic domain of the colistin resistance enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7w
タイトルStructure of a catalytic domain of the colistin resistance enzyme
要素Putative integral membrane protein
キーワードTRANSFERASE / colistin resistance / catalytic domain / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine transferase, N-terminal / Phosphoethanolamine transferase EptA/EptB / Phosphoethanolamine transferase / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoethanolamine--lipid A transferase MCR-2.1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.988 Å
データ登録者Wang, X.D. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2018
タイトル: Structural and functional insights into MCR-2 mediated colistin resistance.
著者: Wang, X. / Lu, Q. / Qi, J. / Chai, Y. / Wang, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年11月7日ID: 5XNU
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative integral membrane protein
B: Putative integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4174
ポリマ－72,2872
非ポリマー1312
水00
1
A: Putative integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2092
ポリマ－36,1431
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2092
ポリマ－36,1431
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.443, 82.296, 79.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative integral membrane protein


分子量: 36143.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C3NEV1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M calcium acetate; 0.1 M MES, pH 6.0, 22% PEG 8000 (v/v), 0.03% DDM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 12018 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.187 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1228 / Rpim(I) all: 0.318 / Rsym value: 0.565 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K4P

5k4p


解像度: 2.988→41.148 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 551 4.68 %
Rwork0.1798 --
obs0.1818 11775 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.988→41.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 0 0 5084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7527082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4671882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.988-3.28860.31931420.23742571X-RAY DIFFRACTION89
3.2886-3.76410.23051350.19492862X-RAY DIFFRACTION99
3.7641-4.74130.19991420.15282881X-RAY DIFFRACTION99
4.7413-41.15190.19041320.17472910X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4257-0.1125-0.00150.0810.2160.6512-00.0506-0.0292-0.02960.00460.0739-0.0127-0.00110.2682-0.01110.00210.26820.00790.275110.1936-17.449692.0505
20.4847-0.08310.06990.264-0.10360.56240.0099-0.0345-0.02980.0423-0.0077-0.0542-0.0410.0460.2767-0.00580.00470.27030.01370.2855-5.6149-55.2898104.3061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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