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- PDB-6a7v: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapBC11 toxin-ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a7v
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis VapBC11 toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin VapB11
  • Ribonuclease VapC11
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / VapBC / Endoribonuclease / tRNase / Rv1560-Rv1561 / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host / positive regulation of growth / toxin sequestering activity / negative regulation of growth / RNA nuclease activity / positive regulation of translation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial antitoxin of type II TA system, VapB / Bacterial antitoxin of type II TA system, VapB / PIN domain / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease VapC11 / Antitoxin VapB11
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Deep, A. / Thakur, K.G.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural, functional and biological insights into the role of Mycobacterium tuberculosis VapBC11 toxin-antitoxin system: targeting a tRNase to tackle mycobacterial adaptation.
著者: Deep, A. / Tiwari, P. / Agarwal, S. / Kaundal, S. / Kidwai, S. / Singh, R. / Thakur, K.G.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease VapC11
K: Antitoxin VapB11
C: Ribonuclease VapC11
D: Antitoxin VapB11
E: Ribonuclease VapC11
U: Antitoxin VapB11
G: Ribonuclease VapC11
H: Antitoxin VapB11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,00711
ポリマ－88,5768
非ポリマー4303
水10,395577
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Formation of Heterooctameric complex was also confirmed by Analytical ultracentrifugation.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26820 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area29060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.555, 127.007, 151.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease VapC11 / RNase VapC11 / Toxin VapC11


分子量: 15248.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC11, Rv1561, MTCY48.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WFA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
Antitoxin VapB11


分子量: 6895.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapB11, Rv1560, MTCY48.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WLU3
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Ammonium Sulphate, 0.3M Sodium formate, 0.1 Sodium cacodylate, 3 % w/v PGA-LM, 30% PEG400 (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→97.252 Å / Num. all: 113379 / Num. obs: 113379 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 11.5 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 517561
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.67-1.764.40.8810.971241161760.4610.9990.8811.498.8
1.76-1.874.70.5311.572596156060.270.5980.5312.599.9
1.87-24.50.3182.465838145870.1660.360.3184.299.9
2-2.164.70.1624.764599136310.0830.1830.1627.999.9
2.16-2.364.50.17.556245125780.0530.1130.112.299.8
2.36-2.644.80.06311.554657114510.0320.0710.06318.699.9
2.64-3.054.50.04116.945547101000.0220.0470.04126.999.7
3.05-3.734.70.02823.24056386160.0140.0310.02842.399.8
3.73-5.284.40.02327.12968867470.0120.0260.0235199.6
5.28-47.9464.30.02123.61658738870.0120.0240.02151.299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC3.3.22精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CHG

4chg


解像度: 1.67→97.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.499 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 5653 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1843 107637 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.27 Å2 / Biso mean: 39.158 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→97.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 26 577 6725
Biso mean--52.3 44.17 -
残基数----795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196234
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9598433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78313749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14621.927301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.745151051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3151592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.195312258
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.735330
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.625512436
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 393 -
Rwork0.363 7697 -
all-8090 -
obs--97.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.083-0.1294-0.23290.29350.23330.8491-0.05050.0034-0.01460.04310.00730.01360.1653-0.0320.04320.10660.00030.00190.00330.00110.0462-2.27760.74952.514
20.1045-0.05640.17470.6188-0.52221.10330.0307-0.0011-0.04480.01510.07410.1152-0.0943-0.1123-0.10480.10620.02050.02110.02590.00980.0584-8.73358.05581.187
30.11480.0559-0.08880.037-0.05120.6585-0.0114-0.0487-0.00560.0224-0.0279-0.01760.01820.07620.03940.1016-0.0031-0.01240.02380.00520.0562-1.11374.40273.543
40.9037-0.49690.27460.5808-0.16350.09680.01040.07020.06370.0004-0.0451-0.03620.03390.0010.03460.1091-0.02680.02860.0557-0.01740.0449-18.53579.0770.411
50.10750.0139-0.24420.1701-0.11980.62190.0214-0.00020.01030.00310.02130.001-0.0962-0.0134-0.04270.1078-0.00220.01210.00920.00140.05252.29197.5745.87
60.10580.0810.10860.2753-0.12120.3485-0.04790.02020.0343-0.06420.05920.04990.0408-0.0295-0.01130.118-0.0265-0.0160.01660.00590.0648-2.64479.4348.58
70.6073-0.11080.06350.58690.46080.57640.01660.0655-0.0884-0.13990.014-0.0699-0.04030.143-0.03060.12450.03290.02110.08710.01470.059911.98383.48327.606
82.94230.6230.30572.38330.00320.0630.1501-0.2316-0.0739-0.3367-0.15010.35-0.0347-0.0675-0.00010.18930.0902-0.07430.1176-0.03020.0651-4.93182.66321.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2C201
3X-RAY DIFFRACTION3C-4 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6A201
7X-RAY DIFFRACTION7G-3 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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