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- PDB-6a6v: Crystal structure of the modified fructosyl peptide oxidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a6v
タイトルCrystal structure of the modified fructosyl peptide oxidase from Aspergillus nidulans with 7 additional mutations, in complex with FSA
要素Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / fructosyl peptide / Aspergillus nidulans / FAD-binding protein
機能・相同性D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructopyranose
機能・相同性情報
生物種Aspergillus nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ogawa, N. / Maruyama, Y. / Itoh, T. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Creation of haemoglobin A1c direct oxidase from fructosyl peptide oxidase by combined structure-based site specific mutagenesis and random mutagenesis.
著者: Ogawa, N. / Kimura, T. / Umehara, F. / Katayama, Y. / Nagai, G. / Suzuki, K. / Aisaka, K. / Maruyama, Y. / Itoh, T. / Hashimoto, W. / Murata, K. / Ichimura, M.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_validate_close_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
H: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0626
ポリマ－96,9832
非ポリマー2,0804
水00
1
A: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5313
ポリマ－48,4911
非ポリマー1,0402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5313
ポリマ－48,4911
非ポリマー1,0402
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.540, 135.540, 144.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Fructosyl amine: oxygen oxidoreductase


分子量: 48491.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖 ChemComp-FSA / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructopyranose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-beta-D-fructose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-D-fructose / 1-S-(carboxymethyl)-1-thio-fructose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 254.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O7S
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 5% PGA, 20% PEG 3350, 0.1M CAPS (pH 8.8)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 33508 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.852 / Num. unique obs: 3301

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6R

6a6r


解像度: 2.9→49.457 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 1597 4.78 %
Rwork0.1657 --
obs0.1678 33394 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6733 0 138 0 6871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4779593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2932567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1441018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8997-2.99330.30921500.2482857X-RAY DIFFRACTION99
2.9933-3.10030.33491390.26112887X-RAY DIFFRACTION100
3.1003-3.22440.32521590.24282874X-RAY DIFFRACTION100
3.2244-3.37110.31711550.21872857X-RAY DIFFRACTION100
3.3711-3.54880.23311250.18992921X-RAY DIFFRACTION100
3.5488-3.77110.2141390.17832886X-RAY DIFFRACTION100
3.7711-4.06210.19951800.14882851X-RAY DIFFRACTION100
4.0621-4.47060.15111440.11862894X-RAY DIFFRACTION100
4.4706-5.1170.14251410.12072913X-RAY DIFFRACTION100
5.117-6.44460.18571140.14632933X-RAY DIFFRACTION100
6.4446-49.46450.15781510.14432924X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77941.764-1.58184.6025-0.89122.6818-0.1177-0.0078-0.2267-0.0166-0.0378-0.47920.10430.44830.11230.2140.0492-0.01140.39740.03910.27113.9882-55.153-0.99
21.88480.9901-0.12943.559-1.04382.24420.0523-0.0726-0.00890.23650.0220.03970.13450.0101-0.0590.23550.11070.07290.2999-0.00190.23533.8521-57.12960.0502
31.998-0.2905-0.51982.1135-0.48532.4493-0.0738-0.12570.02060.31420.11860.0043-0.1119-0.1356-0.04830.24740.03410.03760.29830.02150.2967-1.7475-49.8730.0667
42.5597-0.8699-1.05463.18240.47272.3051-0.3090.5407-0.678-0.1529-0.26450.42490.319-0.72910.51710.4375-0.14090.10420.6346-0.24380.5023-7.8133-56.0381-46.9344
53.46530.1830.00152.51470.04472.2105-0.38270.3724-1.1747-0.2505-0.0149-0.53180.61890.11050.44270.6607-0.06530.30650.4867-0.21310.907415.3492-68.68-54.012
62.0321-0.2442-0.98741.64180.62642.2055-0.14420.4377-0.3759-0.4354-0.08760.0317-0.1531-0.26290.19530.4109-0.07670.05670.4458-0.14410.34411.8737-45.7423-48.7623
72.3629-0.0854-1.42631.02260.72593.4669-0.31490.1419-0.7174-0.2721-0.043-0.07560.1043-0.13660.34270.3716-0.08090.11430.3528-0.10610.4714.1027-51.0058-41.9631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 234 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 434 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 3 through 80 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 81 through 160 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 161 through 332 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 333 through 434 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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