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万見
- PDB-6a6q: Crystal structure of a lignin peroxidase isozyme H8 variant that ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a6q
タイトルCrystal structure of a lignin peroxidase isozyme H8 variant that is stable at very acidic pH
要素Ligninase H8
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / heme binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lignin peroxidase / diarylpropane peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. ...Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / Ligninase H8
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerochaete chrysosporium RP-78 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Seo, H. / Kim, K.-J. / Pham, L.T.M.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: In silico-designed lignin peroxidase fromPhanerochaete chrysosporiumshows enhanced acid stability for depolymerization of lignin.
著者: Pham, L.T.M. / Seo, H. / Kim, K.J. / Kim, Y.H.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct ...pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ligninase H8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6507
ポリマ－37,6751
非ポリマー9756
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.212, 99.621, 48.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ligninase H8 / Diarylpropane peroxidase / Lignin peroxidase


分子量: 37674.926 Da / 分子数: 1 / 変異: A55R, N156E, H239E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium RP-78 (菌類)
遺伝子: LPOA / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06181, lignin peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月31日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 40502 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 32.06
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 1927 / CC1/2: 0.803 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b80

1b80


解像度: 1.67→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1707 1982 4.9 %RANDOM
Rwork0.1415 ---
obs0.1429 38505 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.38 Å2 / Biso mean: 21.237 Å2 / Biso min: 11.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å21.01 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 63 249 2917
Biso mean--20.35 31.58 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0142793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.6973824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1381.6665693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1075354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86924.148135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54715407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4211511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02512
LS精密化 シェル解像度: 1.666→1.709 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 128 -
Rwork0.197 2613 -
all-2741 -
obs--88.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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