PDB-6a65: Placental protein 13/galectin-13 variant R53HR55N with Tris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a65

タイトル

Placental protein 13/galectin-13 variant R53HR55N with Tris

要素

Galactoside-binding soluble lectin 13

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylcholine lysophospholipase activity / phospholipid metabolic process / nuclear matrix / carbohydrate binding / nuclear body / apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.771 Å

データ登録者

Su, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2018
タイトル: Resetting the ligand binding site of placental protein 13/galectin-13 recovers its ability to bind lactose
著者: Su, J. / Cui, L. / Si, Y. / Song, C. / Li, Y. / Yang, T. / Wang, H. / Mayo, K.H. / Tai, G. / Zhou, Y.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a65.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a65.ent.gz	29 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a65_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a65_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	6a65_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	6a65_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/6a65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a62C 6a63C 6a64C 6a66C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xg8-1 4kvf-d 2v5u-d 5y03-1 4kl6-2 5glw-1 5glu-1 5glz-1 4hl0-1 5bq3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

A: Galactoside-binding soluble lectin 13

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.316, 91.699, 50.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Galactoside-binding soluble lectin 13 / Galectin-13 / Gal-13 / Placental tissue protein 13 / Placental protein 13 分子量: 15942.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-139 / 変異: R53H, R55N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS13, PLAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHV8
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→18.911 Å / Num. obs: 13108 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.10.1_2155: ???) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.771→18.911 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	1315	10.04 %
R_work	0.2008	-	-
obs	0.2061	13093	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.14 Å² / B_iso mean: 35.5917 Å² / B_iso min: 24.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.771→18.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1120	0	8	86	1214
B_iso mean	-	-	38.57	39.19	-
残基数	-	-	-	-	138

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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