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- PDB-6a60: Crystal structure of human FXR/RXR-LBD heterodimer bound to GW406... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a60
タイトルCrystal structure of human FXR/RXR-LBD heterodimer bound to GW4064 and 9cRA and SRC1
要素
  • Bile acid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / positive regulation of transporter activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling ...regulation of urea metabolic process / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / positive regulation of transporter activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / : / toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid nuclear receptor activity / Carnitine shuttle / bile acid metabolic process / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / cell-cell junction assembly / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / bile acid binding / positive regulation of female receptivity / nuclear vitamin D receptor binding / cellular response to fatty acid / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / regulation of cholesterol metabolic process / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of interleukin-2 production / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of tumor necrosis factor production / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / estrous cycle / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Notch signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / nuclear receptor coactivator activity / hippocampus development / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-064 / (9cis)-retinoic acid / Nuclear receptor coactivator 1 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wang, N. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
31770817 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Ligand binding and heterodimerization with retinoid X receptor alpha (RXR alpha ) induce farnesoid X receptor (FXR) conformational changes affecting coactivator binding
著者: Wang, N. / Zou, Q. / Xu, J. / Zhang, J. / Liu, J.
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1766
ポリマ－57,3334
非ポリマー8432
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.849, 102.849, 109.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 26854.730 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 変異: C432E, C466E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#3: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 26667.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 BF

#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1905.186 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5MCN7, UniProt: Q15788*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#4: 化合物 ChemComp-064 / 3-[(E)-2-(2-chloro-4-{[3-(2,6-dichlorophenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)ethenyl]benzoic acid / GW-4064


分子量: 542.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22Cl3NO4
#5: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→102.85 Å / Num. obs: 11678 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 160717 / Scaling rejects: 1306
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.05-3.2614.41.0152950020540.8460.2741.052399.7
8.63-102.8511.30.02867685990.9990.0090.02961.399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→74.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2746 / WRfactor Rwork: 0.2104 / FOM work R set: 0.7548 / SU B: 24.502 / SU ML: 0.425 / SU Rfree: 0.5203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2883 521 4.5 %RANDOM
Rwork0.2253 ---
obs0.2282 11002 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 287.87 Å2 / Biso mean: 123.249 Å2 / Biso min: 55.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å2-0 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---3.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→74.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3638 0 58 1 3697
Biso mean--118.25 94.39 -
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0143768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.6655084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0291.6368220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8065441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25322.01209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.60115701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.291524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02670
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 37 -
Rwork0.34 808 -
all-845 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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