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万見
- PDB-6a5n: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SUVH6 in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a5n
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana SUVH6 in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*(5CM)P*AP*GP*CP*AP*GP*T)-3')
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6
キーワードGENE REGULATION/DNA / SRA / SET / histone methyltransferase / DNA methylation / GENE REGULATION / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpNpG binding / methyl-CpNpN binding / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9me2 methyltransferase activity / methyl-CpG binding / chromosome, centromeric region / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / Pre-SET motif / Pre-SET domain ...: / Histone H3-K9 methyltransferase, plant / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Beta-clip-like / SET domain / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / PUA-like superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, X. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0503200 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into plant SUVH family H3K9 methyltransferases and their binding to context-biased non-CG DNA methylation.
著者: Li, X. / Harris, C.J. / Zhong, Z. / Chen, W. / Liu, R. / Jia, B. / Wang, Z. / Li, S. / Jacobsen, S.E. / Du, J.
履歴
登録2018年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*(5CM)P*AP*GP*CP*AP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8336
ポリマ－67,6373
非ポリマー1963
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.137, 79.443, 107.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6 / Histone H3-K9 methyltransferase 6 / H3-K9-HMTase 6 / Protein SET DOMAIN GROUP 23 / Suppressor of ...Histone H3-K9 methyltransferase 6 / H3-K9-HMTase 6 / Protein SET DOMAIN GROUP 23 / Suppressor of variegation 3-9 homolog protein 6 / Su(var)3-9 homolog protein 6


分子量: 59062.066 Da / 分子数: 1 / 変異: P777L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SUVH6, SDG23, SET23, At2g22740, T9I22.18 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8VZ17, histone-lysine N-methyltransferase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*(5CM)P*AP*GP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4318.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: methylated DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4255.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: complementary DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% ethanol, 10% w/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25062 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2497 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A5K

6a5k


解像度: 2.4→33.592 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2794 1267 5.09 %
Rwork0.2304 --
obs0.2332 24873 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 534 3 40 4515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3146331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0341784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.49620.37531170.31292615X-RAY DIFFRACTION99
2.4962-2.60970.38791360.31782633X-RAY DIFFRACTION100
2.6097-2.74730.47551290.38382602X-RAY DIFFRACTION96
2.7473-2.91930.35041520.28642640X-RAY DIFFRACTION100
2.9193-3.14450.31581420.27292641X-RAY DIFFRACTION100
3.1445-3.46070.30781600.25322674X-RAY DIFFRACTION99
3.4607-3.96080.29461260.23462434X-RAY DIFFRACTION90
3.9608-4.98760.2271660.18112632X-RAY DIFFRACTION97
4.9876-33.59490.22771390.18732735X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.018-2.25090.04081.41210.48291.2209-0.046-0.1152-0.4590.10120.06350.16340.1304-0.1417-0.00060.3304-0.01740.03880.38120.0990.3914-29.9449-1.433104.8948
25.1903-2.2419-3.65210.82961.5912.8406-0.6438-0.6115-0.53310.67260.2150.18520.78060.08810.47920.71080.13760.03440.59140.11980.6337-30.7228-6.837124.8953
31.6902-0.55450.08651.9706-0.32341.7011-0.1245-0.38490.25330.16370.04880.1655-0.1628-0.05770.06810.33630.04190.06450.6223-0.00910.5026-51.22114.4849123.4487
48.66760.8839-0.93635.87460.02755.88630.10880.99680.2007-0.759-0.05660.39160.4391-1.0897-0.09870.53150.036-0.0050.42510.0930.718-36.3662-9.407493.1175
58.88855.4794-5.39344.602-4.47154.4422-0.67210.2138-2.1893-1.9563-0.1656-0.51571.80011.70040.93581.3401-0.00120.2750.75090.0370.9317-41.7594-16.649397.49
64.5975.48432.47269.35640.36193.89330.15451.1694-0.41361.18640.73370.23240.13030.7509-0.43651.06770.16150.31151.08340.1680.7921-26.6718-1.497389.0387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 469 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 470 through 518 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 519 through 780 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 2 through 14 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 2 through 8 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 9 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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