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- PDB-6a5h: The structure of [4+2] and [6+4] cyclase in the biosynthetic path... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a5h
タイトルThe structure of [4+2] and [6+4] cyclase in the biosynthetic pathway of unidentified natural product
要素101015D
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / [4+2] and [4+6] cyclase / natural product / biosynthesis
生物種Nocardia tenerifensis NBRC 101015 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.618 Å
データ登録者Zhang, B. / Ge, H.M.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21572100 中国
National Natural Science Foundation of China81522042 中国
National Natural Science Foundation of China81773591 中国
National Natural Science Foundation of China81421091 中国
National Natural Science Foundation of China81500059 中国
National Natural Science Foundation of China81673333 中国
National Natural Science Foundation of China21672101 中国
National Natural Science Foundation of China21661140001 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Enzyme-catalysed [6+4] cycloadditions in the biosynthesis of natural products.
著者: Zhang, B. / Wang, K.B. / Wang, W. / Wang, X. / Liu, F. / Zhu, J. / Shi, J. / Li, L.Y. / Han, H. / Xu, K. / Qiao, H.Y. / Zhang, X. / Jiao, R.H. / Houk, K.N. / Liang, Y. / Tan, R.X. / Ge, H.M.
履歴
登録2018年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 101015D
B: 101015D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4402
ポリマ－36,4402
非ポリマー00
水7,494416
1
A: 101015D
B: 101015D

A: 101015D
B: 101015D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8804
ポリマ－72,8804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.550, 88.550, 92.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 3 through 152)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 3 - 152 / Label seq-ID: 3 - 152

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 3 through 152)AA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 101015D


分子量: 18220.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia tenerifensis NBRC 101015 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, 200mM NaCl for StmD and 101015DA crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→31.94 Å / Num. obs: 47357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 12.35 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 335848 / Scaling rejects: 266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.62-1.657.50.311713922970.930.120.3335100
8.86-31.9470.1124973560.9720.0420.11812.798.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.3データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A5F

6a5f


解像度: 1.618→31.943 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2009 4.25 %
Rwork0.1744 45315 -
obs0.1755 47324 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.91 Å2 / Biso mean: 17.9613 Å2 / Biso min: 2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.618→31.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 0 421 2752
Biso mean---33.15 -
残基数----301
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1388X-RAY DIFFRACTION5.063TORSIONAL
12B1388X-RAY DIFFRACTION5.063TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.618-1.65850.23251430.212331613304
1.6585-1.70330.2161370.196932163353
1.7033-1.75340.24071410.189431533294
1.7534-1.810.24021420.19132043346
1.81-1.87470.2081390.178731943333
1.8747-1.94970.21431470.17931973344
1.9497-2.03850.20361420.17531943336
2.0385-2.14590.20521350.175532183353
2.1459-2.28030.21051520.175532193371
2.2803-2.45630.20151400.175832423382
2.4563-2.70340.19151420.173532363378
2.7034-3.09430.18651500.169132683418
3.0943-3.89740.17511460.155833253471
3.8974-31.9490.19791530.173434883641
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.3588 Å / Origin y: -3.5577 Å / Origin z: 0.7587 Å
111213212223313233
T0.0207 Å20.0126 Å20.0018 Å2-0.0678 Å2-0.0094 Å2--0.042 Å2
L0.1321 °2-0.0847 °20.0792 °2-0.2139 °20.1133 °2--0.5089 °2
S-0.0718 Å °0.0059 Å °0.0158 Å °0.0387 Å °0.107 Å °-0.0693 Å °-0.0524 Å °0.2452 Å °0.0282 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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