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- PDB-6a57: Structure of histone demethylase REF6 complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a57
タイトルStructure of histone demethylase REF6 complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3')
  • Lysine-specific demethylase REF6
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Complex / histone demethylase REF6 / DNA / zinc finger / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ethylene-activated signaling pathway / abscisic acid catabolic process / release of seed from dormancy / positive regulation of lateral root development / response to diterpene / heat acclimation / protein localization to heterochromatin / sugar mediated signaling pathway / response to brassinosteroid / unidimensional cell growth ...regulation of ethylene-activated signaling pathway / abscisic acid catabolic process / release of seed from dormancy / positive regulation of lateral root development / response to diterpene / heat acclimation / protein localization to heterochromatin / sugar mediated signaling pathway / response to brassinosteroid / unidimensional cell growth / vegetative to reproductive phase transition of meristem / regulation of photoperiodism, flowering / systemic acquired resistance / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / ethylene-activated signaling pathway / leaf development / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / response to abscisic acid / Ino80 complex / abscisic acid-activated signaling pathway / response to mechanical stimulus / epigenetic regulation of gene expression / protein homooligomerization / response to heat / sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lysine-specific demethylase REF6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tian, Z. / Chen, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFC1200400 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of REF6 and its complex with DNA reveal diverse recognition mechanisms.
著者: Tian, Z. / Li, X. / Li, M. / Wu, W. / Zhang, M. / Tang, C. / Li, Z. / Liu, Y. / Chen, Z. / Yang, M. / Ma, L. / Caba, C. / Tong, Y. / Lam, H.M. / Dai, S. / Chen, Z.
履歴
登録2018年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase REF6
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7629
ポリマ－26,3163
非ポリマー4466
水1,42379
1
A: Lysine-specific demethylase REF6
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Lysine-specific demethylase REF6
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,52418
ポリマ－52,6326
非ポリマー89212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area9670 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.087, 96.087, 73.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase REF6 / Jumonji domain-containing protein 12 / Lysine-specific histone demethylase REF6 / Protein RELATIVE ...Jumonji domain-containing protein 12 / Lysine-specific histone demethylase REF6 / Protein RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6


分子量: 16521.723 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig gamma-1 chain C region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: REF6, JMJ12, PKDM9A, At3g48430, T29H11_50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9STM3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9STM3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4812.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4982.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 3種, 85分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 11190 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.1 % / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 551 / Rrim(I) all: 0.485

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.777 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25663 596 5.4 %RANDOM
Rwork0.22114 ---
obs0.223 10516 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 650 16 79 1746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0161766
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0991.5842518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17932876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1235130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66622.08348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96915156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.486159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.986.369523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9766.365522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4189.54652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4159.544653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14.6471242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0994.6461243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6056.9721866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.76152.292142
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.75152.2792134
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 50 -
Rwork0.428 717 -
obs--94.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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