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万見
- PDB-6a4b: Structure of TREX2 in complex with a duplex DNA with 2 nucleotide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a4b
タイトルStructure of TREX2 in complex with a duplex DNA with 2 nucleotide 3'-overhang
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
  • Three prime repair exonuclease 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Exonuclease / DEDDh exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA metabolic process / nucleic acid binding / DNA repair / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Three prime repair exonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hsiao, Y.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
MOST 106-2311-B-009-002 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the duplex DNA processing of TREX2
著者: Cheng, H.L. / Lin, C.T. / Huang, K.W. / Wang, S. / Lin, Y.T. / Toh, S.I. / Hsiao, Y.Y.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three prime repair exonuclease 2
B: Three prime repair exonuclease 2
C: Three prime repair exonuclease 2
D: Three prime repair exonuclease 2
E: Three prime repair exonuclease 2
F: Three prime repair exonuclease 2
G: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,05623
ポリマ－201,78812
非ポリマー26711
水57632
1
A: Three prime repair exonuclease 2
B: Three prime repair exonuclease 2
G: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3608
ポリマ－67,2634
非ポリマー974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
2
C: Three prime repair exonuclease 2
D: Three prime repair exonuclease 2
I: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3367
ポリマ－67,2634
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
3
E: Three prime repair exonuclease 2
F: Three prime repair exonuclease 2
K: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3608
ポリマ－67,2634
非ポリマー974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.715, 87.317, 432.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Three prime repair exonuclease 2 / 3'-5' exonuclease TREX2


分子量: 28156.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R1A9, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5474.526 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 22%(w/v) Polyethylene glycol 1,000, 0.1M Barium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 51078 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 23.45
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 4998 / Rpim(I) all: 0.31 / Rsym value: 0.581 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y97

1y97


解像度: 2.7→29.233 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 3961 7.8 %
Rwork0.2243 --
obs0.2274 50754 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.233 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10082 1857 11 32 11982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68717200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4534658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.73290.38991370.34551600X-RAY DIFFRACTION97
2.7329-2.76750.34721380.35531610X-RAY DIFFRACTION97
2.7675-2.80390.37121530.34111630X-RAY DIFFRACTION98
2.8039-2.84220.39021580.32811697X-RAY DIFFRACTION98
2.8422-2.88280.36111350.3171655X-RAY DIFFRACTION98
2.8828-2.92580.36261530.30731624X-RAY DIFFRACTION97
2.9258-2.97150.33741340.31191644X-RAY DIFFRACTION98
2.9715-3.02010.32511360.30011716X-RAY DIFFRACTION99
3.0201-3.07220.29441310.2981643X-RAY DIFFRACTION98
3.0722-3.1280.34211500.27731684X-RAY DIFFRACTION98
3.128-3.18810.30361520.27471646X-RAY DIFFRACTION99
3.1881-3.25310.31511400.26771718X-RAY DIFFRACTION99
3.2531-3.32370.30351280.26631644X-RAY DIFFRACTION98
3.3237-3.40090.31711400.26811665X-RAY DIFFRACTION98
3.4009-3.48580.28431400.25131720X-RAY DIFFRACTION98
3.4858-3.57990.28491360.23151629X-RAY DIFFRACTION98
3.5799-3.6850.27391380.23681688X-RAY DIFFRACTION98
3.685-3.80370.26931440.24021686X-RAY DIFFRACTION98
3.8037-3.93940.27181370.22211661X-RAY DIFFRACTION98
3.9394-4.09670.27591080.21051714X-RAY DIFFRACTION97
4.0967-4.28260.2151370.2071660X-RAY DIFFRACTION98
4.2826-4.50760.24941350.19181707X-RAY DIFFRACTION97
4.5076-4.78890.22681530.19081681X-RAY DIFFRACTION97
4.7889-5.15680.25871460.18831692X-RAY DIFFRACTION97
5.1568-5.67230.26661430.19681734X-RAY DIFFRACTION98
5.6723-6.48530.26071620.21031717X-RAY DIFFRACTION98
6.4853-8.14150.19731560.19271771X-RAY DIFFRACTION97
8.1415-29.23460.21621410.18651557X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.6746 Å / Origin y: -23.6668 Å / Origin z: -54.2933 Å
111213212223313233
T0.4339 Å2-0.0245 Å2-0.0192 Å2-0.5228 Å2-0.0779 Å2--0.5538 Å2
L0.395 °2-0.3087 °2-0.2222 °2-1.1214 °20.829 °2--1.3646 °2
S-0.0277 Å °0.1822 Å °-0.0045 Å °0.1369 Å °-0.0188 Å °-0.0682 Å °-0.1318 Å °-0.012 Å °0.0479 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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