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万見
- PDB-6a2j: Crystal structure of heme A synthase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a2j
タイトルCrystal structure of heme A synthase from Bacillus subtilis
要素Heme A synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / oxidoreductase / heam biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


heme a synthase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heme A synthase, type 1 / : / COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Heme A synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Niwa, S. / Takeda, K. / Kosugi, M. / Tsutsumi, E. / Miki, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
Japan Society for the Promotion of Science15J02413 日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of heme A synthase fromBacillus subtilis.
著者: Niwa, S. / Takeda, K. / Kosugi, M. / Tsutsumi, E. / Mogi, T. / Miki, K.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme A synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,92227
ポリマ－34,4661
非ポリマー8,45626
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.465, 90.465, 147.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Heme A synthase / HAS / Cytochrome aa3-controlling protein


分子量: 34466.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ctaA, BSU14870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12946, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く

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非ポリマー , 5種, 58分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 600, 0.1M sodium chloride, 0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium HEPES pH 7.4

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-ID
115cooled by He cryo-stream coolers1
240cooled by He cryo-stream coolers1
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL44XU21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2017年12月5日
RAYONIX MX300HE2CCD2017年7月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.2→29.031 Å / Num. obs: 22834 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.242 % / Biso Wilson estimate: 52.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 8.02
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.325.0921.231.233850.4941.37299.7
2.32-2.465.3440.8361.8531220.6680.928100
2.46-2.635.2130.5462.8629610.8410.607100
2.63-2.845.1170.3764.2127600.9050.42100
2.84-3.115.3470.2536.3225400.9560.281100
3.11-3.485.2210.159.923050.9860.16799.9
3.48-4.025.3320.0915.7420140.9940.199.9
4.02-4.925.3150.06321.116960.9960.07100
4.92-6.965.3130.06220.6313310.9980.069100
6.96-29.0315.2440.04826.887200.9970.05399.6

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing MIR解像度: 4.2→20 Å / FOM: 0.63 / 反射: 3300
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
12.67-200.7188
8.83-12.670.7282
7.16-8.830.7352
6.17-7.160.7408
5.5-6.170.67449
5.01-5.50.61490
4.63-5.010.57531
4.33-4.630.55600

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→29.031 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 26.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 1150 5.04 %0
Rwork0.2064 ---
obs0.2076 22824 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.29 Å2 / Biso mean: 58.5128 Å2 / Biso min: 32.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2431 0 411 32 2874
Biso mean--78.41 49.9 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.013837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.124415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7081188
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.30010.39411460.327827002846
2.3001-2.42130.31081390.278527132852
2.4213-2.57290.29381570.239727132870
2.5729-2.77150.22991360.220227022838
2.7715-3.05010.25661170.208727252842
3.0501-3.49080.25011540.197427162870
3.4908-4.39560.20681470.187826922839
4.3956-29.03340.19831540.196527132867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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