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- PDB-6a23: Mandelate oxidase mutant-Y128F with the N5-benzyl-FMN adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a23
タイトルMandelate oxidase mutant-Y128F with the N5-benzyl-FMN adduct
要素4-hydroxymandelate oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOYL-FORMIC ACID / Chem-9OU / 4-hydroxymandelate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Li, T.L. / Lin, K.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: The flavin mononucleotide cofactor in alpha-hydroxyacid oxidases exerts its electrophilic/nucleophilic duality in control of the substrate-oxidation level.
著者: Lyu, S.Y. / Lin, K.H. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Hsu, N.S. / Wu, C.J. / Li, T.L.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7664
ポリマ－40,0301
非ポリマー7373
水5,386299
1
A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,06616
ポリマ－160,1184
非ポリマー2,94812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area43820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.843, 137.843, 111.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxymandelate oxidase


分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物 ChemComp-9OU / 1-[5-(benzenecarbonyl)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-1-deoxy-5-O-phosphono-D-ribitol


分子量: 562.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N4O10P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-173 / BENZOYL-FORMIC ACID / OXO(PHENYL)ACETIC ACID / フェニルグリオキシル酸


分子量: 150.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 63389 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.022 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 28.41
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 6271 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.303 / Χ2: 0.779 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz


解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.437 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18139 3035 5.1 %RANDOM
Rwork0.15523 ---
obs0.15656 56778 93.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 51 299 2835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0192716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5351.993717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91435997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3445365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.85221.983116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38515435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3811535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.871.611383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8571.6071382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8312.3961739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8342.41740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9962.1091332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9952.111333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.743.011967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.62521.4513202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.62421.4513203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.654→1.697 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 163 -
Rwork0.226 3228 -
obs--72.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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