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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a1q | ||||||
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タイトル | Crystal structures of disordered Z-type helices | ||||||
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![]() | DNA / Tetradecamer sequence / alternate pyr-pur repeat / left handed Z-DNA duplex / discontinuous helices / P3(2) | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karthik, S. / Mandal, P.K. / Thirugnanasambandam, A. / Gautham, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of disordered Z-type helices. 著者: Karthik, S. / Mandal, P.K. / Thirugnanasambandam, A. / Gautham, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 393 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6a1oC ![]() 3p4jS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1221.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: DNA鎖 | 分子量: 1159.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.61 % 解説: Authors state that the packing requirement imposes statistical disorder in the molecule leading to only a portion of the molecule to be present in asymmetric unit. Hence the terminal ...解説: Authors state that the packing requirement imposes statistical disorder in the molecule leading to only a portion of the molecule to be present in asymmetric unit. Hence the terminal phosphate atoms appears to be in close contact with the symmetry related terminal oxygens. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1mM DNA, 50mM sodium cacodylate trihydrate buffer, 200mM MgSO4, 50% MPD. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→16.56 Å / Num. obs: 2962 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.602 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9.13 / Num. measured all: 7706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3P4J 解像度: 2.501→16.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 35.4 詳細: It has to be noted that limited resolution data was available to refine the highly disordered molecules. The atomic coordinates are best interpreted for the data to a resolution of 2.5 A and ...詳細: It has to be noted that limited resolution data was available to refine the highly disordered molecules. The atomic coordinates are best interpreted for the data to a resolution of 2.5 A and the electron density map is justified for this highly disordered in packing Z-type helices in which exocyclic atoms of the pyrimidine bases and backbone phosphate groups are refined with partial occupancies.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.501→16.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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