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- PDB-3tci: Crystal structure of the decameric sequence d(CGGGCGCCCG) as Z ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tci
タイトルCrystal structure of the decameric sequence d(CGGGCGCCCG) as Z type duplex
要素(DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')) x 2
キーワードDNA / Z-DNA duplex
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.421 Å
データ登録者Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the decameric sequence d(CGGGCGCCCG) as Z type duplex
著者: Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7674
ポリマ－4,7674
非ポリマー00
水905
1
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3842
ポリマ－2,3842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3842
ポリマ－2,3842
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)17.767, 17.767, 42.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 2M MgCl2, 1mM spermine, 50% MPD , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→30 Å / Num. all: 586 / Num. obs: 579 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.41 % / Biso Wilson estimate: 54.506 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 63 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.421→15.387 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.72 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
詳細: The sequence is d(CGGGCGCCCG). The molecule is placed in three-fold screw axis and form pseudo-continuous helix (Z-type) along c-axis. For this reason, the crystallographic asymmetric unit ...詳細: The sequence is d(CGGGCGCCCG). The molecule is placed in three-fold screw axis and form pseudo-continuous helix (Z-type) along c-axis. For this reason, the crystallographic asymmetric unit consist of two tetramers such as d(CGCG) in 80% and d(GCGC) in 20%.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 16 2.92 %Random
Rwork0.183 ---
all0.1838 586 --
obs0.1838 548 95.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 172.268 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4407 Å20 Å20 Å2
2---0.4407 Å2-0 Å2
3---0.8815 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.421→15.387 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 322 0 5 327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.603544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.156146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00316
LS精密化 シェル最高解像度: 2.4213 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 16 -
Rwork0.183 532 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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