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万見
- PDB-6a1o: Crystal structures of disordered Z-type helices -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a1o
タイトルCrystal structures of disordered Z-type helices
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードDNA / Decameric sequence / left handed Z-DNA duplex / discontinuous helices / hexagonal space group
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Karthik, S. / Mandal, P.K. / Thirugnanasambandam, A. / Gautham, N.
引用ジャーナル: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of disordered Z-type helices.
著者: Karthik, S. / Mandal, P.K. / Thirugnanasambandam, A. / Gautham, N.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_related_exp_data_set / Item: _citation.title
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5284
ポリマ－3,5284
非ポリマー00
水543
1
A: DNA (5'-D(P*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1462
ポリマ－1,1462
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area1120 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3822
ポリマ－2,3822
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area1760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.112, 31.112, 43.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*G)-3')


分子量: 588.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*A)-3')


分子量: 557.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 1221.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 1159.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.85 %
解説: Authors state that the packing requirement imposes statistical disorder in the molecule leading to only a portion of the molecule to be present in asymmetric unit (One tetramer and a ...解説: Authors state that the packing requirement imposes statistical disorder in the molecule leading to only a portion of the molecule to be present in asymmetric unit (One tetramer and a dinucleotide step). Hence the terminal phosphate atoms appears to be in close contact with the symmetry related terminal oxygens.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 50mM sodium cacodylate trihydrate buffer, 50mM CaCl2, 50% MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.51
反射解像度: 2.49→16.816 Å / Num. obs: 1584 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.384 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 9.95 / Num. measured all: 6944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.644.3970.1716.242570.9890.19497
2.64-2.814.3970.1995.722320.9810.22695.5
2.81-3.034.3860.1237.652150.9950.1496.4
3.03-3.314.3960.1038.812070.9950.11897.2
3.31-3.684.4240.08112.261720.9960.09397.2
3.68-4.224.3410.0713.571700.9980.0898.8
4.22-5.094.3490.06615.231490.9960.07598.7
5.09-6.894.3580.07315.811090.9920.083100
6.89-16.8164.370.05613.12730.9990.06592.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å14.63 Å
Translation3 Å14.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSGPLv2データ削減
XDSGPLv2データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1-2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D53

1d53


解像度: 2.49→16.816 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 35.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 161 10.16 %
Rwork0.2799 --
obs0.2745 1584 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.02 Å2 / Biso mean: 21.6559 Å2 / Biso min: 5.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→16.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 246 0 3 249
Biso mean---55.06 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.236410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.515108
LS精密化 シェル解像度: 2.5068→14.6302 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 160 -
Rwork0.2722 1394 -
all-1554 -
obs--87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.047-0.00970.01940.0014-0.00460.0105-0.0112-0.00160.02050.0096-0.02640.0305-0.035-0.0253-0.02260.27040.1189-0.08070.336-0.2087-0.085712.498930.7529-21.6086
20.05880.01440.06690.08780.02640.0766-0.0149-0.0020.0026-0.009-0.0113-0.0146-0.00160.0422-0.01840.07140.03540.16870.2822-0.13210.298720.617526.0683-22.8904
30.00440.00510.01390.0090.02440.0603-0.0115-0.02110.00290.007-0.03570.0036-0.03350.0114-0.02810.06540.0214-0.0940.0843-0.0571-0.022330.936340.2699-18.6792
40.00920.00330.00860.03720.00490.0068-0.00390.0239-0.0071-0.0018-0.024-0.0170.02040.035-0.02310.07580.00330.15590.1437-0.0454-0.256434.064932.8064-20.041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 2 )A1 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 3 through 4 )B3 - 4
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 5 through 8 )C5 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 9 through 12 )D9 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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