PDB-6a0w: Crystal structure of lipase from Rhizopus microsporus var. chinensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a0w

タイトル

Crystal structure of lipase from Rhizopus microsporus var. chinensis

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / Rhizopus microsporus var. chinensis / lipase / N-terminal polypeptide segment

機能・相同性

Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / lipid metabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / Lipase

機能・相同性情報

生物種

Rhizopus chinensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, M. / Yu, X.W. / Xu, Y. / Huang, C.H. / Guo, R.T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis by Which the N-Terminal Polypeptide Segment ofRhizopus chinensisLipase Regulates Its Substrate Binding Affinity.
著者: Zhang, M. / Yu, X.W. / Xu, Y. / Guo, R.T. / Swapna, G.V.T. / Szyperski, T. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T.

履歴

登録	2018年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2019年10月9日	ID: 4L3W
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a0w.cif.gz	75.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a0w.ent.gz	54.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6a0w_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6a0w_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	6a0w_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6a0w_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lgyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g0f-d 2oki-d 4fs3-d 3wz1-d 1k27-d 1ss9-d 4rw5-d 3lnt-2 1zvp-1 1iyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.225, 86.225, 101.151
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 33363.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizopus chinensis (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A3FM73
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl, 0.25M (NH4)2SO4, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 30238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.72
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LGY

1lgy

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.925 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20829	1421	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.16959	28451	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.055 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.94 Å²	0.97 Å²	0 Å²
2-	-	1.94 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2217	0	15	212	2444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.951	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.928	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.332	24.086	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.55	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.267	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.021	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.198	3.556	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.191	3.555	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.157	5.304	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.157	5.305	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.158	3.984	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.144	3.969	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.952	5.755	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.135	43.901	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.051	43.448	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	130	-
R_work	0.264	2041	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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