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- PDB-6a02: Salmonella Typhi YfdX in the F222 space group at 1.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a02
タイトルSalmonella Typhi YfdX in the F222 space group at 1.4 A resolution
要素YfdX protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STY3178 / YfdX / Salmonella
機能・相同性
機能・相同性情報


YfdX protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2140 / Uncharacterised protein family YfdX / YfdX protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
YfdX family protein / YfdX family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ku, B. / Lee, H.S. / Kim, S.J.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural and Physiological Exploration ofSalmonellaTyphi YfdX Uncovers Its Dual Function in Bacterial Antibiotic Stress and Virulence.
著者: Lee, H.S. / Lee, S. / Kim, J.S. / Lee, H.R. / Shin, H.C. / Lee, M.S. / Jin, K.S. / Kim, C.H. / Ku, B. / Ryu, C.M. / Kim, S.J.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfdX protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7956
ポリマ－20,6301
非ポリマー1655
水3,477193
1
A: YfdX protein
ヘテロ分子

A: YfdX protein
ヘテロ分子

A: YfdX protein
ヘテロ分子

A: YfdX protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,18024
ポリマ－82,5204
非ポリマー65920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation14_545-x+1/2,-y-1/2,z1
Buried area14420 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.831, 92.459, 95.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-491-

HOH

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要素

#1: タンパク質 YfdX protein / YfdX from Salmonella Typhi


分子量: 20630.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
遺伝子: yfdX, CVR97_27555, SE14_03224 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7DJF1, UniProt: A0A0D6IF67*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2.5 M sodium chloride, 12% PEG1500, 1.5% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 38242 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.4 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 41.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 1853 / Rpim(I) all: 0.113

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DZA

3dza


解像度: 1.4→27.045 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 19.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2002 5.24 %
Rwork0.1886 --
obs0.1899 38242 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 5 193 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7131804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.053514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003237
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3995-1.43450.29251430.28162464X-RAY DIFFRACTION95
1.4345-1.47330.28541320.26372540X-RAY DIFFRACTION97
1.4733-1.51670.24321430.2322543X-RAY DIFFRACTION98
1.5167-1.56560.22221340.21032549X-RAY DIFFRACTION98
1.5656-1.62160.2131380.20622577X-RAY DIFFRACTION99
1.6216-1.68650.24631340.20522573X-RAY DIFFRACTION99
1.6865-1.76320.23371510.19862573X-RAY DIFFRACTION99
1.7632-1.85610.2031400.19342601X-RAY DIFFRACTION99
1.8561-1.97240.2221500.18332570X-RAY DIFFRACTION99
1.9724-2.12460.20811470.18552597X-RAY DIFFRACTION99
2.1246-2.33830.19731390.17372631X-RAY DIFFRACTION100
2.3383-2.67650.2371420.19142641X-RAY DIFFRACTION100
2.6765-3.3710.19311560.17432646X-RAY DIFFRACTION100
3.371-27.04980.18991530.16732735X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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