[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6uxt: Crystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uxt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella flexneri | ||||||
Components | YfdX protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information YfdX protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2140 / Uncharacterised protein family YfdX / YfdX protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Shigella flexneri 2a str. 2457T (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.797 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of unknown function protein yfdX from Shigella flexneri Authors: Chang, C. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uxt.cif.gz | 280.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6uxt.ent.gz | 225.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uxt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6uxt_validation.pdf.gz | 280.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6uxt_full_validation.pdf.gz | 281.6 KB | Display | |
Data in XML | 6uxt_validation.xml.gz | 1.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6uxt_validation.cif.gz | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6uxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/6uxt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6a02S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 20297.846 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shigella flexneri 2a str. 2457T (bacteria) Gene: yfdX, / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2Y2P124 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.24 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 20% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 50mM MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.797→50 Å / Num. obs: 143645 / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.861 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6A02 Resolution: 1.797→43.517 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 20.91
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.5 Å2 / Biso mean: 32.3239 Å2 / Biso min: 15.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.797→43.517 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|