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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dza
タイトルCrystal structure of a putative membrane protein of unknown function (yfdx) from klebsiella pneumoniae subsp. at 1.65 A resolution
要素uncharacterized putative membrane protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


YfdX protein domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2140 / Uncharacterised protein family YfdX / YfdX protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / YfdX family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative membrane protein of unknown function (YP_001337144.1) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized putative membrane protein
B: uncharacterized putative membrane protein
C: uncharacterized putative membrane protein
D: uncharacterized putative membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,64043
ポリマ－81,2014
非ポリマー2,43939
水19,6361090
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23220 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.207, 79.016, 137.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 43 - 217 / Label seq-ID: 14 - 188

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
uncharacterized putative membrane protein


分子量: 20300.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
遺伝子: YP_001337144.1, yfdX, KPN78578_34530, KPN_03482 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6TE93
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1090 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 31-220 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 20.0000% PEG-3350, 0.2000M ZnAcetate, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97937,0.91837,0.97874
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.918371
30.978741
反射解像度: 1.65→29.975 Å / Num. obs: 90273 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.584 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.693.90.6181.22566565870.61899.8
1.69-1.743.90.541.42512064080.5499.8
1.74-1.793.90.4591.72447662690.45999.8
1.79-1.843.90.38322381560710.38399.9
1.84-1.913.90.2992.62306058790.29999.9
1.91-1.973.90.2423.12249557410.24299.9
1.97-2.053.90.2013.82157854930.20199.9
2.05-2.133.90.1684.52094153300.16899.9
2.13-2.223.90.1425.22004751140.142100
2.22-2.333.90.1255.91924248990.125100
2.33-2.463.90.1096.71831646540.109100
2.46-2.613.90.10371745044400.103100
2.61-2.793.90.0927.81634441640.092100
2.79-3.013.90.0818.61523738910.081100
3.01-3.33.90.06610.11405935860.066100
3.3-3.693.90.05611.61276532710.056100
3.69-4.263.90.04912.91127029080.049100
4.26-5.223.80.04812.3953324910.048100
5.22-7.383.80.05211.9734219510.052100
7.38-29.983.50.04412.7396311260.04498.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.975 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.684 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.092
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ZINC, ACETATE (ACT) AND ETHYLENE GLYCEROL (EDO) MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. THE PRESENCE OF HEAVY ATOMS AT ZINC POSITIONS IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 4525 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.154 90207 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 0 126 1090 6530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.987796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90939682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6815802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47826.583240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.116151076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5991521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.24068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22960
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9934019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6931489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3955905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.88982240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.363111841
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1005MEDIUM POSITIONAL0.130.5
2B1005MEDIUM POSITIONAL0.130.5
3C1005MEDIUM POSITIONAL0.220.5
4D1005MEDIUM POSITIONAL0.160.5
1A973LOOSE POSITIONAL0.515
2B973LOOSE POSITIONAL0.445
3C973LOOSE POSITIONAL0.55
4D973LOOSE POSITIONAL0.555
1A1005MEDIUM THERMAL0.872
2B1005MEDIUM THERMAL1.082
3C1005MEDIUM THERMAL1.142
4D1005MEDIUM THERMAL0.912
1A973LOOSE THERMAL1.7610
2B973LOOSE THERMAL1.8410
3C973LOOSE THERMAL1.9210
4D973LOOSE THERMAL1.6510
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 315 -
Rwork0.215 6269 -
all-6584 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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