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- PDB-5zzk: A Con Artist: Phenylphenoxybenzamide is not a Glycosyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zzk
タイトルA Con Artist: Phenylphenoxybenzamide is not a Glycosyltransferase Inhibitor
要素Monofunctional glycosyltransferase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase membrane associated enzyme lipid II polymerization PBP class A
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monofunctional glycosyl transferase / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / Transglycosylase / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Monofunctional glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wybenga, G.G.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: A Con Artist: Phenylphenoxybenzamide is not a Glycosyltransferase Inhibitor
著者: Wybenga, G.G. / Wu, W.S.
履歴
登録2018年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monofunctional glycosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4251
ポリマ－28,4251
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: based on the packing of the monoglycosyltransferase molecules in the protein crystal
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.880, 39.640, 55.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Monofunctional glycosyltransferase / MGT / Peptidoglycan TGase


分子量: 28425.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: mgt, SAV1874 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99T05, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM MgCl2, 100 mM Na HEPES pH 8, and 16 % wt/vol PEG400 (Sigma)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→30 Å / Num. obs: 8774 / % possible obs: 51 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VMQ

3vmq


解像度: 2.64→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.702 / SU B: 24.618 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.4
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3273 465 5.3 %RANDOM
Rwork0.2451 ---
obs0.2493 8281 82.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 39.947 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å2-0 Å20 Å2
2--2.3 Å2-0 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 0 6 1503
Biso mean---23.53 -
残基数----182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1421.9192057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23833113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8725179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31425.41285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.15415270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.46155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02314
LS精密化 シェル解像度: 2.641→2.709 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 3 -
Rwork0.246 138 -
all-141 -
obs--19.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43060.13520.57490.37190.29181.7822-0.03620.1263-0.2454-0.08460.0396-0.36990.28240.6436-0.00340.40120.0930.12590.25060.07910.4336-19.59915-13.48
25.9050.77197.84941.73460.255410.8503-0.13640.0662-0.19290.1424-0.0069-0.7596-0.13370.22110.14330.3080.23320.11690.35190.10220.469-21.14513.258-9.414
31.47770.5344-0.16662.4628-0.3122.5651-0.05760.16250.0293-0.0218-0.0438-0.15260.00690.11510.10130.21030.00540.01120.04360.01270.0699-33.15422.956-12.487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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