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万見
- PDB-5zz6: Redox-sensing transcriptional repressor Rex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz6
タイトルRedox-sensing transcriptional repressor Rex
要素Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
キーワードGENE REGULATION / Redox sensing / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Park, Y.W. / Jang, Y.Y. / Joo, H.K. / Lee, J.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF- 2017-R1D1A1B03032109 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of Redox-sensing Transcriptional Repressor Rex from Thermotoga maritima
著者: Park, Y.W. / Jang, Y.Y. / Joo, H.K. / Lee, J.Y.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
B: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
C: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
D: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3648
ポリマ－91,9474
非ポリマー2,4174
水1,49583
1
A: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
B: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3004
ポリマ－45,9732
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
2
C: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
D: Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0644
ポリマ－45,9732
非ポリマー1,0912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.512, 89.454, 87.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Redox-sensing transcriptional repressor Rex 1


分子量: 22986.643 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: rex1, TM_0169 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY16
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium chloride, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 41917 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 16.57
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.448

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.917 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2073 5.04 %
Rwork0.206 --
obs0.2084 41098 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 198.33 Å2 / Biso mean: 64.44 Å2 / Biso min: 32.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5815 0 159 83 6057
Biso mean--73.81 60.45 -
残基数----793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6658285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4312097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.25120.39051560.293925852741100
2.2512-2.30750.31991400.280326042744100
2.3075-2.36980.31151260.2572600272699
2.3698-2.43950.29271190.246126272746100
2.4395-2.51820.2711190.249525912710100
2.5182-2.60820.31341590.250525942753100
2.6082-2.71250.31731360.251626182754100
2.7125-2.83590.31351380.251126042742100
2.8359-2.98530.33851340.250326412775100
2.9853-3.17210.27911240.243726102734100
3.1721-3.41670.31221510.22942564271599
3.4167-3.760.23011520.2092589274199
3.76-4.30270.22621190.18332565268498
4.3027-5.41570.19891420.16812610275298
5.4157-29.92020.2281580.17362623278199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1851 Å / Origin y: -11.3297 Å / Origin z: -21.3271 Å
111213212223313233
T0.4171 Å2-0.0056 Å2-0.0026 Å2-0.4053 Å2-0.0326 Å2--0.3812 Å2
L0.6648 °2-0.2066 °20.1532 °2-0.3575 °2-0.3058 °2--0.5854 °2
S0.0428 Å °0.1314 Å °0.0007 Å °-0.0117 Å °-0.043 Å °-0.0443 Å °0.0031 Å °0.0154 Å °-0.0064 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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