PDB-5zz5: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zz5

タイトル

Redox-sensing transcriptional repressor Rex

要素

Redox-sensing transcriptional repressor Rex

キーワード

GENE REGULATION / Redox sensing / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Park, Y.W. / Jang, Y.Y. / Joo, H.K. / Lee, J.Y.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of Redox-sensing Transcriptional Repressor Rex from Thermotoga maritima
著者: Park, Y.W. / Jang, Y.Y. / Joo, H.K. / Lee, J.Y.

履歴

登録	2018年5月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zz5.cif.gz	298.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zz5.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zz5_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zz5_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	5zz5_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	5zz5_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zz6C 5zz7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zz6-1 4dz2-3 3ikv-d 1fyr-d 3ply-d 6nbl-1 5zz7-d 5zz6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

C: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

ヘテロ分子

92.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor Rex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.577, 88.464, 87.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Redox-sensing transcriptional repressor Rex 分子量: 22986.643 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: rex1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY16
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium chloride, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55075 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.09 Å² / Net I/σ(I): 18.21
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.115 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	2790	5.08 %
R_work	0.204	-	-
obs	0.2068	54885	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.57 Å² / B_iso mean: 48.56 Å² / B_iso min: 21.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5531	0	24	298	5853
B_iso mean	-	-	56.76	49.25	-
残基数	-	-	-	-	745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	7638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.135	2033

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0345	0.3442	144	0.2839	2593	2737	99
2.0345-2.0715	0.3126	148	0.264	2593	2741	99
2.0715-2.1113	0.2997	120	0.2488	2585	2705	100
2.1113-2.1544	0.3045	133	0.2462	2635	2768	100
2.1544-2.2012	0.2929	116	0.2415	2581	2697	100
2.2012-2.2524	0.2931	127	0.2321	2623	2750	99
2.2524-2.3087	0.2777	141	0.2284	2573	2714	100
2.3087-2.3711	0.3403	143	0.2269	2581	2724	100
2.3711-2.4409	0.2973	127	0.2211	2658	2785	100
2.4409-2.5196	0.2518	136	0.2218	2593	2729	100
2.5196-2.6096	0.2796	156	0.2169	2558	2714	100
2.6096-2.714	0.253	138	0.2153	2626	2764	100
2.714-2.8374	0.2953	157	0.2163	2603	2760	100
2.8374-2.9869	0.2685	141	0.2228	2590	2731	100
2.9869-3.1738	0.2973	155	0.2143	2607	2762	100
3.1738-3.4185	0.2652	136	0.2084	2611	2747	100
3.4185-3.7619	0.2577	154	0.199	2619	2773	100
3.7619-4.3048	0.2254	130	0.1752	2623	2753	100
4.3048-5.4178	0.2124	144	0.173	2655	2799	100
5.4178-29.1185	0.2395	144	0.1947	2588	2732	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 74.515 Å / Origin y: 118.18 Å / Origin z: -68.359 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2225 Å²	0.0253 Å²	0.0058 Å²	-	0.232 Å²	0.002 Å²	-	-	0.2015 Å²
L	0.4002 °²	0.3163 °²	0.1377 °²	-	0.7467 °²	0.3849 °²	-	-	0.3745 °²
S	0.0562 Å °	-0.0453 Å °	-0.0146 Å °	0.0665 Å °	-0.0469 Å °	0.0667 Å °	0.0157 Å °	-0.0258 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	9 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401 - 495
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	13 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	301
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	401 - 454
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	301
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	401 - 501
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	8 - 206
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	301
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	401 - 448

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)