+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zyf | |||||||||
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Title | Crystal structure of Streptococcus pyogenes type II-A Cas2 | |||||||||
Components | CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 | |||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / CRISPR / Cas2 / CRISPR-associated / Streptococcus pyogenes | |||||||||
Function / homology | CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / metal ion binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.76 Å | |||||||||
Authors | Ka, D. / Bae, E. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: Molecular organization of the type II-A CRISPR adaptation module and its interaction with Cas9 via Csn2 Authors: Ka, D. / Jang, D.M. / Han, B.W. / Bae, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5zyf.cif.gz | 228.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5zyf.ent.gz | 188.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5zyf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5zyf_validation.pdf.gz | 495.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5zyf_full_validation.pdf.gz | 501.8 KB | Display | |
Data in XML | 5zyf_validation.xml.gz | 22.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5zyf_validation.cif.gz | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zyf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10646.388 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Gene: cas2, SPy_1048 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q99ZW0, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 22.0% (w/v) PEG 4000, 325 mM ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→50 Å / Num. obs: 56417 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 22.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.82 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 3.417 / Num. unique obs: 5499 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.594 / Χ2: 1 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.76→36.448 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.57
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→36.448 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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