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- PDB-5zxn: Crystal structure of CurA from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zxn
タイトルCrystal structure of CurA from Vibrio vulnificus
要素NADP-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO VULNIFICUS MO6-24/O (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.855 Å
データ登録者Kim, M.-K. / Bae, D.-W. / Cha, S.-S.
引用ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Curcumin-Reducing Activity of CurA from Vibrio vulnificus.
著者: Park, S.B. / Bae, D.W. / Clavio, N.A.B. / Zhao, L. / Jeong, C.S. / Choi, B.M. / Macalino, S.J.Y. / Cha, H.J. / Park, J.B. / Lee, J.H. / Nam, S.J. / Choi, S. / Kim, M.K. / Cha, S.S.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent oxidoreductase
B: NADP-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0938
ポリマ－75,0552
非ポリマー1,0386
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.516, 91.555, 104.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1PROPROchain AAA4 - 3431 - 340
2THRTHRchain BBB5 - 3432 - 340

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent oxidoreductase


分子量: 37527.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_015728066
由来: (組換発現) VIBRIO VULNIFICUS MO6-24/O (バクテリア)
株: MO6-24/O / 遺伝子: VVM02027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8GZL3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: sodium chloride, MES, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.855→19.916 Å / Num. obs: 73918 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 29.77 Å2 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.855→1.96 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 10339 / Rrim(I) all: 1.621 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.855→19.916 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 3726 5.05 %
Rwork0.2088 --
obs0.2102 73821 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.66 Å2 / Biso mean: 41.5972 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.855→19.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5057 0 64 388 5509
Biso mean--45.8 41.13 -
残基数----679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0857073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2881910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2855X-RAY DIFFRACTION3.625TORSIONAL
12B2855X-RAY DIFFRACTION3.625TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.855-1.87850.34481240.32862345246990
1.8785-1.90320.31071720.29542445261796
1.9032-1.92920.31451220.2822526264898
1.9292-1.95670.34361440.266625652709100
1.9567-1.98590.29721350.269525992734100
1.9859-2.01690.25871340.255625772711100
2.0169-2.050.30681320.250125872719100
2.05-2.08530.34011160.249125992715100
2.0853-2.12320.2761270.235425832710100
2.1232-2.16390.25761330.227925952728100
2.1639-2.20810.25761450.213325852730100
2.2081-2.2560.26261410.221625822723100
2.256-2.30840.26321510.215225912742100
2.3084-2.36610.25161300.218225972727100
2.3661-2.42990.27791210.212326372758100
2.4299-2.50130.23941140.218225882702100
2.5013-2.58190.25291590.220325952754100
2.5819-2.67390.28051470.2226162763100
2.6739-2.78070.26721360.214725962732100
2.7807-2.90690.22771170.209926432760100
2.9069-3.05970.23141370.207526242761100
3.0597-3.25060.25481610.214825992760100
3.2506-3.50030.21031530.203826182771100
3.5003-3.85030.22031400.191126592799100
3.8503-4.40220.19831510.176526412792100
4.4022-5.52660.20121340.179926962830100
5.5266-19.91720.19391500.195328072957100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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