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万見
- PDB-5zxb: Crystal structure of ACK1 with compound 10d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zxb
タイトルCrystal structure of ACK1 with compound 10d
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / phosphorylation / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / small GTPase-mediated signal transduction ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / phosphorylation / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / small GTPase-mediated signal transduction / WW domain binding / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / adherens junction / non-specific protein-tyrosine kinase / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9KO / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Hong, E.M. / Kim, H.L. / Sim, T.B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
NRF-2016M3A9B5940991 韓国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: First SAR Study for Overriding NRAS Mutant Driven Acute Myeloid Leukemia.
著者: Cho, H. / Shin, I. / Ju, E. / Choi, S. / Hur, W. / Kim, H. / Hong, E. / Kim, N.D. / Choi, H.G. / Gray, N.S. / Sim, T.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated CDC42 kinase 1
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1664
ポリマ－62,8472
非ポリマー1,3192
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.182, 43.120, 93.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...
21(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUCYSCYS(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 1191 - 3
12ILEILEASPASP(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA121 - 1345 - 18
13VALVALLEULEU(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA139 - 22523 - 109
14GLYGLYTHRTHR(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA227 - 319111 - 203
15TRPTRPPHEPHE(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA321 - 378205 - 262
16ALAALAALAALA(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA380 - 388264 - 272
17GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA389273
18LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
19LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
110LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
111LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
112LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
113LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
114LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
115LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 117 through 119 or resid 121...AA117 - 3891 - 273
21LEULEUCYSCYS(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...BB117 - 1191 - 3
22ILEILELEULEU(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...BB121 - 1605 - 44
23ALAALATHRTHR(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...BB170 - 31954 - 203
24TRPTRPPHEPHE(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...BB321 - 378205 - 262
25ALAALAGLNGLN(chain B and (resid 117 through 119 or resid 121...BB380 - 389264 - 273

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要素

#1: タンパク質 Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 31423.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9KO / N-{3-[7-{[6-(4-acetylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl]amino}-1-methyl-2-oxo-1,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-3(2H)-yl]-4-methylphenyl}-3-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 659.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H32F3N9O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.3 0.2M AmSO4 28% PEG3350 10mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→36.775 Å / Num. obs: 28669 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.198→2.277 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.198→36.775 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1398 4.88 %
Rwork0.2061 --
obs0.2087 28647 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.57 Å2 / Biso mean: 50.7222 Å2 / Biso min: 26.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.198→36.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 96 93 4051
Biso mean--50.62 46.99 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4685530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6643359
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2188X-RAY DIFFRACTION14.329TORSIONAL
12B2188X-RAY DIFFRACTION14.329TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1976-2.27620.32181210.29982456257789
2.2762-2.36730.33891360.29082661279797
2.3673-2.4750.34831430.27042707285099
2.475-2.60550.31511510.23842728287999
2.6055-2.76870.27561270.22422754288199
2.7687-2.98230.23761280.21512741286999
2.9823-3.28230.28011450.208927622907100
3.2823-3.75680.24091350.18962788292399
3.7568-4.73160.20591520.178427942946100
4.7316-36.780.25361600.19012858301899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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