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万見
- PDB-5zx8: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zx8
タイトルCrystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophilus
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / peptidyl-tRNA hydrolase / Thermus thermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Matsumoto, A. / Uehara, Y. / Shimizu, Y. / Ueda, T. / Uchiumi, T. / Ito, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: High-resolution crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophilus.
著者: Matsumoto, A. / Uehara, Y. / Shimizu, Y. / Ueda, T. / Uchiumi, T. / Ito, K.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.52025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2355
ポリマ－20,6211
非ポリマー6154
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.453, 53.918, 58.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 20620.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: pth, TTHA1588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHZ2, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM phosphate-citrate buffer pH 4.2, 50%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 75984 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 57.2
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RYB

1ryb


解像度: 1→23.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.543 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14272 3777 5 %RANDOM
Rwork0.12867 ---
obs0.12938 71946 92.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1→23.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1448 0 42 120 1610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8742.0172110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9063.0013517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2975195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51420.88268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31115256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3861521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4290.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3511.264753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1791.26752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5561.908942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6011.911943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9711.681801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9691.682802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0432.4011164
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.07911.7861789
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.89911.4781753
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.07433090
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.636529
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.50753144
LS精密化 シェル解像度: 0.999→1.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 263 -
Rwork0.221 5369 -
obs--94.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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