PDB-5zx1: Crystal structure of ENT domain from T. brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zx1

タイトル

Crystal structure of ENT domain from T. brucei

要素

ENT

キーワード

TRANSCRIPTION / ENT domain

機能・相同性

ENT domain-like superfamily / nucleus / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Shanhui, L. / Xiaoming, T. / Juan, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an ENT domain from Trypanosoma brucei.
著者: Mi, J. / Yang, X. / Zhang, J. / Zhang, X. / Xu, C. / Liao, S. / Tu, X.

履歴

登録	2018年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zx1.cif.gz	31.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zx1.ent.gz	19.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uz3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2jvh-d 2jvg-d 1vwf-d 2e7h-d 2ys8-d 2rtk-d 3x0p-d 2ct2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENT

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.590, 132.590, 40.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-219- HOH
2	1	A-241- HOH

#1: タンパク質	ENT 分子量: 13068.890 Da / 分子数: 1 / 断片: ENT domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.02.2890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q385P5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M L-proline, 0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→46.88 Å / Num. obs: 8072 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.028 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.31→2.39 Å / R_merge(I) obs: 0.27 / Num. unique obs: 1586

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13-2998	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.13-2998	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UZ3

1uz3

解像度: 2.31→46.878 Å / 交差検証法: NONE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2788	421	-
R_work	0.2342	-	-
obs	-	8068	99 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→46.878 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	663	0	0	52	715

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.39 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3723	-	-
R_work	0.3499	-	-
obs	-	793	99.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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