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万見
- PDB-5zvx: Crystal structure of K86A mutant of phosphomannose isomerase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zvx
タイトルCrystal structure of K86A mutant of phosphomannose isomerase from Salmonella typhimurium
要素Mannose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / zinc binding / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-6-phosphate isomerase / mannose-6-phosphate isomerase activity / GDP-mannose biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphomannose Isomerase; domain 2 / Phosphomannose Isomerase, domain 2 / Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphomannose isomerase, type I, conserved site / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / : / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Phosphomannose isomerase type I signature 1. / Phosphomannose isomerase type I signature 2. ...Phosphomannose Isomerase; domain 2 / Phosphomannose Isomerase, domain 2 / Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphomannose isomerase, type I, conserved site / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / : / Phosphomannose isomerase type I, helical insertion domain / Mannose-6-phosphate isomerase, cupin domain / Phosphomannose isomerase type I signature 1. / Phosphomannose isomerase type I signature 2. / Mannose-6-phosphate isomerase, type I / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / Phosphomannose isomerase type I C-terminal / Phosphomannose isomerase type I, catalytic domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bangera, M. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insights into phosphomannose isomerase: the role of zinc and catalytic residues.
著者: Bangera, M. / Gowda K, G. / Sagurthi, S.R. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2018年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1708
ポリマ－42,7331
非ポリマー4387
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.190, 91.730, 116.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mannose-6-phosphate isomerase / Phosphohexomutase / Phosphomannose isomerase / PMI


分子量: 42732.586 Da / 分子数: 1 / 変異: K86A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: manA, pmi, STM1467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25081, mannose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.2 M Sodium cacodylate pH 6.8, 20% PEG 8000,5% dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.58 Å / Num. obs: 43702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rsym value: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H1M

3h1m


解像度: 1.7→30.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.23 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20569 2195 5 %RANDOM
Rwork0.1642 ---
obs0.1663 41443 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 25 464 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9181.9724230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90736833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38424.923130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84215489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7091514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8411.7131600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8351.7121599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.72.5592004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7012.562005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4141.9021505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4111.9021505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6522.7562219
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.03215.6133731
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.03315.6153732
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 147 -
Rwork0.224 2978 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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