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- PDB-5zuo: Crystal Structure of BZ junction in diverse sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zuo
タイトルCrystal Structure of BZ junction in diverse sequence
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*C)-3')
  • Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE/DNA / Z-DNA / B-Z junction / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / supraspliceosomal complex / adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine deaminase activity / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...somatic diversification of immune receptors via somatic mutation / negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / supraspliceosomal complex / adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine deaminase activity / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / response to interferon-alpha / hematopoietic stem cell homeostasis / RISC complex assembly / pre-miRNA processing / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / definitive hemopoiesis / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / hematopoietic progenitor cell differentiation / RNA processing / protein export from nucleus / erythrocyte differentiation / response to virus / PKR-mediated signaling / cellular response to virus / mRNA processing / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / innate immune response / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAR1, first double-stranded RNA binding domain / ADAR1, third double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) ...ADAR1, first double-stranded RNA binding domain / ADAR1, third double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Kim, K.K. / Kim, D.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
SSTF-BA1301-01 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Sequence preference and structural heterogeneity of BZ junctions.
著者: Kim, D. / Hur, J. / Han, J.H. / Ha, S.C. / Shin, D. / Lee, S. / Park, S. / Sugiyama, H. / Kim, K.K.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
B: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
C: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
D: Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase
E: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9076
ポリマ－39,9076
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.237, 111.237, 62.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Double-stranded RNA-specific adenosine deaminase / DRADA / 136 kDa double-stranded RNA-binding protein / p136 / Interferon-inducible protein 4 / IFI-4 / K88DSRBP


分子量: 7372.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAR, ADAR1, DSRAD, G1P1, IFI4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P55265, double-stranded RNA adenine deaminase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5197.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5219.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % / Mosaicity: 0.739 °
結晶化温度: 296 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 20% dioxane, with microseeding of small crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 9722 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 96.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.917 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 105614
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-2.9511.20.5744850.9511100
2.95-311.20.5274840.9771100
3-3.0611.30.4274871.0231100
3.06-3.1211.30.3024941.0221100
3.12-3.1911.30.274921.1091100
3.19-3.2711.20.1685011.1311100
3.27-3.3511.30.1484701.2061100
3.35-3.4411.30.1124921.2441100
3.44-3.5411.20.0944891.369199.8
3.54-3.6511.20.0834841.4471100
3.65-3.7811.10.0794871.8011100
3.78-3.9411.10.074881.7161100
3.94-4.11110.075002.1871100
4.11-4.3310.90.0684812.7251100
4.33-4.610.60.0644973.0481100
4.6-4.9610.20.0644863.353199.8
4.96-5.4610.20.0644993.594199.8
5.46-6.2410.50.0565052.9731100
6.24-7.8610.30.055022.851199.6
7.86-508.40.0513993.903176.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.902→36.411 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3014 962 9.96 %
Rwork0.2558 8695 -
obs0.2603 9657 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.26 Å2 / Biso mean: 111.8936 Å2 / Biso min: 60 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.902→36.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 691 0 0 2503
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4813667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8371462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9021-3.0550.42261390.33681228136798
3.055-3.24630.35311320.34681244137699
3.2463-3.49670.36811460.321912701416100
3.4967-3.84830.31821350.27941242137798
3.8483-4.40430.29731410.276912571398100
4.4043-5.54580.28621400.241912631403100
5.5458-36.41370.27111290.21131191132091

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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