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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ztm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MLE dsRBDs in complex with roX2 (R2H1) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / Helicase / LncRNA / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / PKR-mediated signaling / MSL complex ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / PKR-mediated signaling / MSL complex / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / sex-chromosome dosage compensation / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / lncRNA binding / DNA duplex unwinding / 3'-5' DNA helicase activity / nuclear chromosome / positive regulation of heterochromatin formation / X chromosome / DNA helicase activity / helicase activity / determination of adult lifespan / double-stranded RNA binding / chromosome / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.899 Å | ||||||
データ登録者 | Lv, M.Q. / Tang, Y.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: Structural insights reveal the specific recognition of roX RNA by the dsRNA-binding domains of the RNA helicase MLE and its indispensable role in dosage compensation in Drosophila. 著者: Lv, M. / Yao, Y. / Li, F. / Xu, L. / Yang, L. / Gong, Q. / Xu, Y.Z. / Shi, Y. / Fan, Y.J. / Tang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ztm.cif.gz | 199.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ztm.ent.gz | 154.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ztm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ztm_validation.pdf.gz | 473.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ztm_full_validation.pdf.gz | 479.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ztm_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ztm_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/5ztm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/5ztm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29318.787 Da / 分子数: 2 / 断片: dsRNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: mle, nap, CG11680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24785, RNA helicase #2: RNA鎖 | | 分子量: 17717.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: GenBank: 1835654 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200mM lithium citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.899→46.548 Å / Num. obs: 17911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 64.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/av σ(I): 22.5 / Net I/σ(I): 2.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.787 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.906 / Rrim(I) all: 0.198 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VYX,3VYY 解像度: 2.899→46.548 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.56
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 176.85 Å2 / Biso mean: 70.4968 Å2 / Biso min: 26.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.899→46.548 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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