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- PDB-5zt8: SirB from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zt8
タイトルSirB from Bacillus subtilis
要素Sirohydrochlorin ferrochelatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase
機能・相同性: / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / Sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX-like / CbiX / siroheme biosynthetic process / metal ion binding / Sirohydrochlorin ferrochelatase
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2019
タイトル: Structure of sirohydrochlorin ferrochelatase SirB: the last of the structures of the class II chelatase family.
著者: Fujishiro, T. / Shimada, Y. / Nakamura, R. / Ooi, M.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sirohydrochlorin ferrochelatase
B: Sirohydrochlorin ferrochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4752
ポリマ－60,4752
非ポリマー00
水5,477304
1
A: Sirohydrochlorin ferrochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2381
ポリマ－30,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sirohydrochlorin ferrochelatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2381
ポリマ－30,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.690, 53.370, 80.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 253)
21(chain B and resid 1 through 253)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 1 - 253 / Label seq-ID: 13 - 265

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 1 through 253)AA
2(chain B and resid 1 through 253)BB

-
要素

#1: タンパク質 Sirohydrochlorin ferrochelatase


分子量: 30237.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sirB, ylnE, BSU15620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O34632, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月6日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.766 Å / Num. obs: 38718 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.448 % / Biso Wilson estimate: 32.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.104 / Net I/σ(I): 14.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.13.3070.6691.93101740.7410.79998.9
2.1-2.23.6110.4692.8984490.8130.55399.7
2.2-2.33.5420.3453.9570800.9110.40899.3
2.3-2.43.5610.2665.0559000.9310.31499.7
2.4-2.53.5420.2186.1550190.9560.25799.7
2.5-33.3140.1210.32162140.9870.14399.5
3-3.53.5660.05123.7482810.9970.0699.6
3.5-43.4640.03335.1846070.9980.03999.1
4-63.2460.02342.7465440.9990.02898.6
6-103.7270.01951.2821900.9990.02399.4
10-38.7663.6340.01461.2357910.01796.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZT7

5zt7


解像度: 2→38.766 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1936 5 %
Rwork0.1852 --
obs0.1868 38693 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.25 Å2 / Biso mean: 38.002 Å2 / Biso min: 17.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3988 0 0 304 4292
Biso mean---44.75 -
残基数----511
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1534X-RAY DIFFRACTION8.854TORSIONAL
12B1534X-RAY DIFFRACTION8.854TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.3071380.265426282766100
2.05-2.10550.30591340.25532539267399
2.1055-2.16740.26941380.223926232761100
2.1674-2.23740.25141380.213726232761100
2.2374-2.31730.25291380.21622604274299
2.3173-2.41010.27471370.206326072744100
2.4101-2.51970.26691380.200326302768100
2.5197-2.65260.21581380.204626172755100
2.6526-2.81870.24631380.207626102748100
2.8187-3.03630.23431390.199326432782100
3.0363-3.34170.24051390.189526382777100
3.3417-3.82480.18551390.164826432782100
3.8248-4.81750.17781390.147626442783100
4.8175-38.77370.18441430.16982708285199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20550.52380.45033.2183-0.06921.4612-0.01490.09970.0843-0.09520.10780.0292-0.00720.1377-0.10430.2717-0.02670.04240.24960.0040.1376-10.20723.823225.37
23.40920.75681.26572.5611-0.47064.0470.1002-0.1464-0.0208-0.01910.1481-0.0512-0.2185-0.1296-0.23980.22710.00530.02760.232-0.01360.2434-16.75731.094930.1787
36.2579-0.12950.08253.4998-0.33162.67310.3977-0.29610.18310.17530.11380.3046-0.3182-0.3785-0.46010.253-0.02070.08070.26850.0230.2546-19.3499-2.976735.8992
43.0814.7563-0.46457.5116-0.70853.83-0.18370.7139-0.918-0.25550.083-0.67590.11170.27740.08760.25320.0580.05740.3081-0.03890.364310.7901-5.047728.2131
56.1629-1.4071-2.62952.75021.88734.663-0.17480.1343-0.27080.37950.0253-0.3160.2463-0.04350.16010.2609-0.0048-0.05010.1888-0.02430.424313.3829-2.101238.4366
63.5855-0.4267-0.61352.77561.39753.70490.2073-0.1804-0.58790.4864-0.1859-0.0560.4992-0.1377-0.03760.3142-0.0578-0.07020.22320.05590.40410.3607-3.394243.4057
71.9517-0.2126-1.44293.99940.73532.3418-0.01210.1957-0.43520.3422-0.0872-0.44420.1050.2090.10880.26760.01-0.0290.18970.01670.427115.67542.670537.5422
82.7677-0.99293.09523.0737-1.07283.427-0.0442-0.3310.7388-0.2781-0.1382-0.4598-0.1644-0.11730.21850.30930.00440.00850.2316-0.04010.424315.286912.187839.6458
93.40512.15190.7531.70150.18451.0657-0.04640.0261-0.494-0.07980.1172-0.32310.1745-0.01-0.05990.22480.0605-0.00320.1905-0.02670.3475-3.0379-5.479231.8602
103.5464-0.76360.44314.9318-0.90333.2607-0.0661-0.04070.36520.05220.1807-0.4674-0.30810.0601-0.09320.2639-0.0549-0.03260.2596-0.04250.211644.516715.827910.9143
113.3244-1.28690.2711.60270.25461.25870.09260.39540.0797-0.336-0.0653-0.2052-0.10290.0606-0.06630.37580.00270.04690.3120.00470.218142.244111.90470.675
122.4963-0.7115-0.10041.751-0.51722.0233-0.1451-0.2336-0.2026-0.16120.35130.29140.2948-0.4249-0.08060.2825-0.0395-0.0020.29940.08170.286516.54719.904315.0365
133.9761-0.5177-1.31873.8804-0.97783.89960.04490.1866-0.2453-0.31940.09440.51750.3009-0.2615-0.15790.3207-0.0806-0.06220.32460.05560.268413.466612.48895.8813
144.4835-0.9801-0.95022.7227-0.13621.6670.2599-0.15210.05050.02050.1230.2904-0.3112-0.4067-0.27180.38860.020.0440.36620.08320.280912.334121.821914.851
156.1524-2.4071-0.04222.46290.0311.2694-0.0476-0.74280.07510.2610.30340.3864-0.0807-0.1676-0.21120.33930.04450.06870.46790.03270.321416.137416.916919.0336
163.3232-1.9966-0.36192.78281.27341.5537-0.0370.1198-0.1055-0.18410.0354-0.00110.3537-0.0213-0.07010.3066-0.0284-0.01660.21640.0120.18838.11433.30366.6188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )A1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 79 )A32 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 106 )A80 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 120 )A107 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 121 through 138 )A121 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 139 through 180 )A139 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 181 through 198 )A181 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 199 through 214 )A199 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 215 through 256 )A215 - 256
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -1 through 58 )B-1 - 58
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 59 through 106 )B59 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 107 through 138 )B107 - 138
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 139 through 180 )B139 - 180
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 181 through 214 )B181 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 215 through 227 )B215 - 227
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 228 through 253 )B228 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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