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- PDB-5zqt: Crystal structure of Oryza sativa hexokinase 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zqt
タイトルCrystal structure of Oryza sativa hexokinase 6
要素Hexokinase-6
キーワードTRANSFERASE / hexokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast outer membrane / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / response to glucose / glycolytic process ...chloroplast outer membrane / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / response to glucose / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / beta-D-glucopyranose / Hexokinase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Matsudaira, K. / Mochizuki, S. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Akimitsu, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Oryza sativa hexokinase 6
著者: Matsudaira, K. / Mochizuki, S. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Akimitsu, K.
履歴
登録2018年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-6
B: Hexokinase-6
C: Hexokinase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,73312
ポリマ－155,6013
非ポリマー2,1329
水1,44180
1
A: Hexokinase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5784
ポリマ－51,8671
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
2
B: Hexokinase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5784
ポリマ－51,8671
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
3
C: Hexokinase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5784
ポリマ－51,8671
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.600, 131.600, 188.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase-6 / Hexokinase-2


分子量: 51867.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: HXK6, HXK2, Os01g0742500, LOC_Os01g53930, P0439E07.19
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LQ68, hexokinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPSO, 0.1 M Bis-Tris, 5%w/v PEG20000, 25% w/v Trimethypropane, 1% w/v NDSB195, 0.1 M Spermine tetrahydrochloride, 0.1 M Spermidine trihydrochloride, 0.1 M 1,4-Diaminobutane ...詳細: 0.1 M MOPSO, 0.1 M Bis-Tris, 5%w/v PEG20000, 25% w/v Trimethypropane, 1% w/v NDSB195, 0.1 M Spermine tetrahydrochloride, 0.1 M Spermidine trihydrochloride, 0.1 M 1,4-Diaminobutane dihydrochloride, 0.1 M DL-Ornithine monohydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→48.79 Å / Num. obs: 45291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 30.56
反射 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Num. unique obs: 3318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QS7

4qs7


解像度: 2.84→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 15.085 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 18.351 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 2282 5 %RANDOM
Rwork0.20323 ---
obs0.20638 42967 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.84→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10527 0 132 80 10739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.98414706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.605323967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.37951362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88723.671474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61151839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4861581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.914 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 159 -
Rwork0.308 3152 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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