PDB-5zqb: Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zqb

タイトル

Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria monocytogenes in the Penicillin G bound form

要素

Lmo2812 protein

キーワード

ANTIBIOTIC / Listeria monocytogenes / hypothetical / penicillin-binding protein / LmPBPD2 / lmo2812

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.896 Å

データ登録者

Jeong, J.H. / Kim, Y.G.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of Penicillin-Binding Protein D2 from Listeria monocytogenes and Structural Basis for Antibiotic Specificity
著者: Jeong, J.H. / Cha, H.J. / Kim, Y.G.

履歴

登録	2018年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zqb.cif.gz	385.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zqb.ent.gz	315.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/5zqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zqaSC 5zqcC 5zqdC 5zqeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zqe-4 5zqe-8 5zqe-1 5zqe-7 5zqe-3 5zqd-7 5zqd-4 5zqe-2 5zqd-6 5zqd-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo2812 protein

B: Lmo2812 protein

C: Lmo2812 protein

D: Lmo2812 protein

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lmo2812 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lmo2812 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lmo2812 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Lmo2812 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.716, 98.900, 77.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lmo2812 protein 分子量: 30091.605 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-272 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo2812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y3M3
#2: 化合物	ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G 分子量: 336.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M sodium formate, 20%(wt/vol) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月7日
放射	モノクロメーター: Double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.896→29.9 Å / Num. obs: 84701 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.17 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.1492 / R_pim(I) all: 0.06362 / R_rim(I) all: 0.1625 / Net I/σ(I): 13.88
反射シェル	解像度: 1.897→1.965 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.4808 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / Num. unique obs: 8075 / CC_1/2: 0.838 / R_pim(I) all: 0.202 / R_rim(I) all: 0.5223 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZQA

5zqa

解像度: 1.896→29.894 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	1984	2.34 %
R_work	0.2004	-	-
obs	0.2015	84701	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.896→29.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7479	0	140	401	8020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	10414
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.1	4659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8963-1.9437	0.2855	134	0.2291	5590	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9437-1.9962	0.263	141	0.2104	5857	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9962-2.055	0.2586	137	0.1973	5837	X-RAY DIFFRACTION	97
2.055-2.1213	0.2556	144	0.197	5859	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1213-2.1971	0.2467	146	0.1907	5895	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1971-2.285	0.2461	139	0.1922	5904	X-RAY DIFFRACTION	98
2.285-2.389	0.2589	145	0.1948	5921	X-RAY DIFFRACTION	99
2.389-2.5149	0.2559	143	0.2018	5931	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5149-2.6723	0.2443	139	0.2082	5957	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6723-2.8785	0.2452	145	0.21	5918	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8785-3.1679	0.2529	140	0.2078	5962	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1679-3.6256	0.2128	144	0.2023	5956	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6256-4.5653	0.2575	145	0.1784	6043	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5653-29.8972	0.2531	142	0.2112	6087	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0764	0.714	-0.6732	1.7954	0.1416	2.2871	-0.1585	0.0778	-0.4484	-0.068	-0.0099	-0.1126	0.2622	-0.0476	0.1178	0.1328	0.0009	0.0084	0.122	-0.0358	0.1602	-0.0814	4.9646	23.3355
2	1.9415	0.6897	-0.4434	3.0595	0.463	1.6146	-0.0229	0.0379	0.1606	-0.1015	0.0351	0.2058	-0.094	-0.0782	-0.0147	0.1183	0.0078	-0.0141	0.1032	0.0206	0.0952	9.9871	32.6653	20.1575
3	0.7944	0.3996	-0.466	1.2286	-0.4798	0.9664	0.0011	0.0147	-0.0349	-0.0838	-0.0284	0.0066	0.0173	0.0269	0.0229	0.0936	0.0068	-0.0028	0.1183	-0.0183	0.1185	8.8543	22.1134	19.7605
4	3.0613	-0.2709	0.7273	2.2642	-0.5574	2.0362	-0.0131	0.0804	-0.0314	0.0094	0.044	0.1095	0.0598	-0.045	-0.0303	0.085	-0.0008	0.0081	0.0802	-0.0118	0.0708	-0.3095	13.7608	28.7856
5	1.2369	-0.7218	0.1225	1.0616	-0.0596	0.6367	-0.0718	0.0074	0.2064	-0.0183	0.0412	-0.0927	-0.1078	0.0624	0.0428	0.1343	-0.0328	0.0101	0.1267	-0.013	0.1355	44.8671	19.777	33.102
6	2.3445	-0.3048	0.9722	3.3416	-0.0082	2.9301	-0.0385	-0.201	-0.0617	0.1516	0.0474	0.2234	0.0788	-0.2412	0.0187	0.1121	-0.0078	0.0323	0.1051	0.0052	0.1092	43.2181	-0.0318	34.4421
7	2.4549	-0.2821	-0.2916	3.115	0.254	1.7493	-0.0458	-0.1919	0.2026	0.334	0.0026	-0.0701	-0.1406	0.0669	0.0408	0.1746	0.0164	-0.0119	0.1272	-0.0368	0.0953	45.1889	15.6302	44.9931
8	1.8132	-0.238	0.1881	1.2022	0.1214	0.7696	0.0493	0.1241	0.0477	-0.0517	-0.0375	0.0327	0.0061	0.0039	0.0012	0.1021	-0.003	0.0097	0.1268	0.0112	0.1044	41.3283	18.0557	25.2644
9	1.4942	0.875	-0.0426	1.8052	0.0758	0.701	-0.0058	0.0151	-0.1407	0.0681	-0.0045	0.0061	0.0484	-0.0073	0.0133	0.1142	0.0178	0.0062	0.1111	-0.0125	0.1095	-2.9265	18.8688	58.0205
10	2.7961	0.0067	-0.3108	3.7434	-0.2301	2.6612	-0.0359	0.0754	0.1995	-0.0449	0.1332	0.4499	-0.0622	-0.313	-0.0552	0.1164	0.0151	-0.0184	0.1306	0.0214	0.1907	-5.5551	39.2672	59.5905
11	1.2344	0.6754	-0.2745	3.3439	0.8295	0.8816	0.0102	0.1847	0.0081	-0.3348	-0.0467	-0.0647	-0.0269	-0.0439	0.0337	0.13	-0.0049	-0.0112	0.1416	-0.0069	0.067	-1.9138	26.524	47.9442
12	0.8643	0.047	-0.3037	1.2842	0.0844	0.3028	0.0372	-0.0178	-0.0783	0.1079	-0.0667	0.0414	-0.0213	-0.0791	0.0353	0.1053	-0.0091	-0.0052	0.1271	-0.0008	0.0865	-6.4579	19.9289	65.876
13	1.1798	-0.7567	0.0915	1.4277	-0.1684	0.7221	-0.0403	-0.0175	0.1369	0.0217	0.0144	-0.0865	-0.0434	0.0329	0.0278	0.1006	-0.0266	0.0018	0.1397	-0.0115	0.1294	34.4918	21.9892	70.1223
14	4.3842	-0.0252	1.0525	4.386	-2.0789	4.3113	-0.154	-0.5219	0.0699	0.1409	0.0879	0.7488	-0.0279	-0.9759	0.1817	0.1387	-0.0197	0.0364	0.2942	-0.0016	0.319	27.8467	-1.4243	72.3022
15	1.137	-0.502	-0.3958	2.4183	0.7875	1.488	-0.043	-0.1101	-0.0087	0.129	0.0181	-0.0016	0.0268	0.0397	0.0227	0.107	-0.0035	-0.0017	0.1217	0.0061	0.1017	35.8574	12.1605	76.7053
16	1.6089	-0.4385	0.1366	1.1623	-0.1246	0.5833	0.0035	0.0891	0.0495	-0.0819	-0.0078	0.0523	-0.0103	-0.0047	0.0146	0.1229	-0.0135	-0.005	0.1353	0.0099	0.0979	30.8514	20.7609	62.2527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 119 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 217 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 218 through 270 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 131 through 170 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 171 through 270 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 24 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 85 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 120 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 171 through 270 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 24 through 84 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 85 through 103 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 104 through 170 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 171 through 270 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)