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万見
- PDB-5zoi: Crystal Structure of alpha1,3-Fucosyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zoi
タイトルCrystal Structure of alpha1,3-Fucosyltransferase
要素Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT
キーワードTRANSFERASE / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Lewis a epitope biosynthetic process / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity / Lewis x epitope biosynthetic process / fucose binding / lipopolysaccharide biosynthetic process / membrane / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 10, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 10, C-terminal domain / Alpha-(1, 3)-fucosyltransferase/alpha-(1, 4)-fucosyltransferase, Helicobacter / Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT, N-terminal / Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT N-terminal domain / : / Glycosyl transferase family 10 / GT10-like, C-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) C-term / Rossmann fold ...Glycosyl transferase family 10, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 10, C-terminal domain / Alpha-(1, 3)-fucosyltransferase/alpha-(1, 4)-fucosyltransferase, Helicobacter / Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT, N-terminal / Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT N-terminal domain / : / Glycosyl transferase family 10 / GT10-like, C-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) C-term / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C06 / Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Tan, Y. / Yang, G.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Directed evolution of an alpha 1,3-fucosyltransferase using a single-cell ultrahigh-throughput screening method.
著者: Tan, Y. / Zhang, Y. / Han, Y. / Liu, H. / Chen, H. / Ma, F. / Withers, S.G. / Feng, Y. / Yang, G.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT
B: Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5884
ポリマ－98,4102
非ポリマー1,1792
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area32870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)121.664, 121.664, 64.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 352 / Label seq-ID: 1 - 352

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Alpha-(1,3)-fucosyltransferase FucT / 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase


分子量: 49204.809 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-412 / 変異: S45F, D127N, R128E, H131I, Y199N, D340D, V368A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fucT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O30511, 4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-C06 / [[(2S,3R,4S,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3S,4S,5R,6R)-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate


分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: peg4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.435
11K, H, -L20.431
11-K, -H, -L30.069
11-h,-k,l40.065
反射解像度: 3.18→39.8 Å / Num. obs: 17862 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.18→3.34 Å / Num. unique obs: 3213

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.19→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.726 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.633 / SU B: 23.45 / SU ML: 0.439 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.126
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 893 5 %RANDOM
Rwork0.287 ---
obs0.288 16955 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----4.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5642 0 76 0 5718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9578016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0655682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.95724.903310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.31215930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5981514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.313.352740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9195.0173418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0873.4243156
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.23762.25923705
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9422 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.24 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 74 -
Rwork0.257 1221 -
obs--97.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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